В поисках происхождения COVID-19 были обнаружили ранние вирусные сиквенсы, которые китайцы удалили из базы данных NIHВ поисках происхождения COVID-19 были обнаружили ранние вирусные сиквенсы, которые китайцы удалили из базы данных NIH
В мире, изголодавшемся по свежим данным о происхождении пандемии COVID-19, исследование, утверждающее, что были обнаружены ранние сиквенсы вируса SARS-CoV-2, которые намеренно скрывались, должно было разжечь жаркие дебаты.
В не прошедшей рецензирование статье эволюционного биолога Джесси Блума из Онкологического исследовательского центра Фреда Хатчинсона утверждается, что группа китайских исследователей взяла образцы вирусов у самых ранних пациентов с COVID-19 в Ухане, Китай, разместила вирусные последовательности в широко используемой американской базе данных, а затем через несколько месяцев удалила генетическую информацию, чтобы "скрыть их существование".
По мнению некоторых ученых, эти заявления усиливают подозрения в том, что Китаю есть что скрывать о происхождении пандемии. Но критики препринта, опубликованного вчера на bioRxiv, говорят, что детективная работа Блума - это пустая болтовня, потому что китайские ученые позже опубликовали информацию о вирусе в другой форме, а восстановленные сиквенсы мало что добавляют к тому, что известно о происхождении SARS-CoV-2.
По словам Блума, эти сиквенсы подтверждают доказательства того, что пандемия возникла не на рынке морепродуктов Хуанань в Ухане, где первоначально был выявлен SARS-CoV-2. Китайские чиновники здравоохранения 31 декабря 2019 года увязали этот рынок со вспышкой "необъяснимой пневмонии", но уже через месяц стало ясно, что многие из самых ранних случаев заболевания не имеют никакого отношения к этому месту. В статье освещаются три мутации, обнаруженные в SARS-CoV-2, полученных от пациентов, связанных с рынком, которые отсутствуют в обнаруженных последовательностях коронавируса или его ближайшего родственника, который исследователи из Уханьского института вирусологии обнаружили у летучих мышей в 2013 году.
Более серьезное утверждение Блума о том, что китайские исследователи удалили данные, должно усилить дебаты о том, перешел ли вирус к людям от неизвестного животного или каким-то образом просочился из лаборатории. Блум говорит, что у него нет предубеждения к той или иной гипотезе происхождения SARS-CoV-2, и он согласен с тем, что выделенные им вирусные последовательности - это маленький кусочек большой незаконченной головоломки. "Я не думаю, что это подтверждает гипотезу лабораторного происхождения или зооноза", - говорит он. "Я думаю, что это дает дополнительные доказательства того, что этот вирус, вероятно, циркулировал в Ухане до декабря, и что, вероятно, у нас есть менее чем полная картина сиквенсов ранних вирусов".
Блум, изучающий эволюцию вирусов, начал свое исследование после противоречивого доклада о происхождении пандемии, опубликованного в марте совместной комиссией китайских и иностранных исследователей, организованной ВОЗ. Блум помог организовать широко обсуждаемое письмо, подписанное 17 другими учеными, в котором критиковался доклад ВОЗ за то, что в докладе говориться о как "крайне маловероятным событии", что SARS-CoV-2 распространился из лаборатории. В письме, опубликованном 14 мая в журнале Science, авторы выступили за "беспристрастное научное обсуждение этого сложного, но важного вопроса".
Доклад ВОЗ в значительной степени опирался на последовательности SARS-CoV-2, обнаруженные у пациентов, зараженных штаммом COVID-19, связанным с рынком, отмечает Блум. "Я просто просматривал и пытался проверить ряд результатов анализа из совместного отчета ВОЗ и Китая", - говорит он. Это привело его к исследованию, в котором были перечислены все сиквенсы SARS-CoV-2, представленные до 31 марта 2020 года в Sequence Read Archive (SRA), базу данных, контролируемую Национальным центром биотехнологической информации, подразделением Национальных институтов здравоохранения США (NIH). Но когда он проверил SRA в отношении одного из штаммов, он не смог найти его сиквенса.
Погуглив, он нашел еще одно исследование под руководством Минг Ванга из больницы Уханьского университета, которое было опубликовано в виде препринта 6 марта на сайте medRxiv, а позже, 24 июня, опубликовано в журнале Small, который больше посвящен материалам и химии, чем вирусологии. В этой статье перечислены некоторые из самых ранних пациентов с уханьским COVID-19 и конкретные мутации в их вирусах, но не приведены полные данные сиквенсов. Дальнейшие поиски в Интернете привели Блума к выводу, что SRA хранит свою информацию на облачной платформе Google, и при поиске там были найдены файлы, содержащие некоторые из ранее представленных командой Ванга данных.
В статье Small не упоминаются какие-либо исправления вирусных последовательностей, которые могли бы объяснить, почему они были удалены из SRA, что и привело Блума к выводу в его препринте, что "доверчивостью научных структур злоупотребляли, чтобы скрыть последовательности, имеющие отношение к раннему распространению SARS-CoV-2 в Ухане". Блум утверждает, что поскольку в удаленных последовательностях отсутствуют три мутации, наблюдаемые в SARS-CoV-2 с рынка морепродуктов, вирусы, найденные командой Ванга, скорее всего, представляют собой предшественника.
Но сиквенс вируса летучей мыши, обнаруженного в 2013 году, отличается от SARS-CoV-2 примерно на 1100 нуклеотидов, что означает, что должны были пройти десятилетия, прежде чем он превратился в пандемический коронавирус - и другие виды также вполне могли быть инфицированы вирусом летучей мыши, прежде чем он совершил окончательный переход к людям.
Такая большая разница в последовательностях, говорит эволюционный биолог Эндрю Рамбаут из Эдинбургского университета, означает, что исследователи не могут использовать несколько мутаций, подобных тем, которые выделяет Блум, чтобы заглянуть в прошлое и увидеть "корни" родословного древа SARS-CoV-2.
Блум говорит, что он связался с китайскими исследователями, чтобы спросить, почему они удалили данные SRA, но они не ответили. NIH опубликовал заявление, в котором говорится, что последовательности были удалены по просьбе исследователя, представившего данные, и который, по словам агентства, обладает правами на эти данные. Ученый "указал, что информация о сиквенсах была обновлена, была передана в другую базу данных, и он хотел удалить данные из SRA, чтобы избежать проблем с контролем версий", - говорится в заявлении NIH (Блум утверждает, что не может найти эти сиквенсы ни в одной другой известной ему базе данных по вирусологии).
Исследователи резко расходятся во мнениях относительно ценности воскрешения Блумом данных SRA. "Это творческий и строгий подход к изучению происхождения вируса SARS-CoV-2", - говорит Ян Липкин, микробиолог из Школы общественного здравоохранения Мейлмана при Колумбийском университете. "Два вывода: вирус циркулировал до вспышки, связанной с Уханьским рынком морепродуктов, и, возможно, имело место активное сокрытие эпидемиологических данных и данных о сиквенсах, необходимых для отслеживания его происхождения".
Если оставить в стороне значение найденных Блумом последовательностей, то демонстрация того, что исследователи могут потенциально найти "новые" данные в облаке, является сама по себе захватывающим достижением, добавляет Судхир Кумар, который занимается исследованиями в области геномики в Университете Темпл и опубликовал свой собственный анализ ранних сиквенсов SARS-CoV-2: "Многие люди считают, что существует гораздо больше китайских данных, но у них нет к ним доступа", - говорит он.
Но другие ученые не в восторге. "Джесси воскрешает информацию, которая была в сети более года назад, и утверждает, что она доказывает сокрытие", - говорит Стивен Голдштейн, эволюционный вирусолог из Университета Юты. "Я не понимаю [его рассуждений]". Статья в Small - это просто хорошее исследование, которое, "к сожалению, прошло мимо радаров", - добавляет он.
Рамбаут отмечает, что китайские исследователи представили свою небольшую статью до того, как попросили SRA удалить данные. "Идея о том, что группа пыталась что-то скрыть, просто смехотворна", - говорит Рамбаут. Если бы они что-то скрывали, они бы точно не представили эту работу. ... Мне не нравятся инсинуации о злоупотреблениях, когда [Блум] ничего не знает о причинах, побудивших авторов статьи удалить свои данные".
Член комиссии ВОЗ по происхождению пандемии, Марион Коопманс из Медицинского центра Университета Эразма, отмечает, что в докладе подчеркивается необходимость поиска дополнительных данных о циркуляции самых ранних вирусов. "Хорошо увидеть дополнительные данные, но я не понимаю, в чем их смысл", - говорит Коопманс, добавляя, что обвинения, содержащиеся в препринте, могут повредить будущему сотрудничеству в области изучения происхождения с китайскими исследователями. "Тон препринта, на мой взгляд, довольно вызывающий, и я бы хотела, чтобы наука держалась от этого подальше".
Блум признает, что исследователи могут получить сиквенсы коронавирусов из данных публикации Small, но он говорит, что большинство специалистов в этой области не проводят эволюционный анализ SARS-CoV-2. "Никто не знал об этих последовательностях, потому что способ, которым люди находят сиквенсы, - это обращение к базам данных, загрузка сиквенсов и их просмотр", - говорит Блум.
Он признает, что за вступление в дискуссию о происхождении вируса SARS-CoV-2 приходится платить. "У стольких людей есть свои планы и предвзятые мнения на эту тему, что если вы откроете рот, кто-то воспримет ваши слова как поддержку или опровержение какого-то конкретного нарратива", - говорит он. "Поэтому выбор состоит в том, чтобы либо вообще ничего не говорить, что я не считаю полезным или продуктивным, либо просто попытаться сделать выводы, которые вы можете сделать, и сделать это как можно более прозрачно. Независимо от того, насколько людям нравится [мое новое исследование] или не нравится, согласны они с интерпретацией или не согласны с ней, они, по крайней мере, могут скачать его и проверить самостоятельно".
