Выявление SARS-CoV-2 и геномное секвенирование образцов с больничных поверхностей, собранных в Калифорнийском университете в Дэвисе (аннотация)Выявление SARS-CoV-2 и геномное секвенирование образцов с больничных поверхностей, собранных в Калифорнийском университете в Дэвисе (аннотация)
Мало сомнений в том, что аэрозоли играют важную роль в передаче вируса SARS-CoV-2. Значение наличия и инфекционности этого вируса на поверхностях окружающей среды, особенно в больничных условиях, остается менее ясным. Нашей целью был анализ образцов с поверхностей на наличие РНК SARS-CoV-2 и инфекционность, а также определение их пригодности для секвенирования.
Образцы были собраны в период двух волн COVID-19 в Медицинском центре Калифорнийского университета в Дэвисе в зонах обслуживания пациентов и скопления персонала. qRT-PCR положительные образцы были исследованы в культурах клеток Vero на предмет цитопатических эффектов и филогенетически оценены с помощью секвенирования всего генома.
Улучшение практики уборки и ведения пациентов в период с апреля по август 2020 года привело к значительному снижению позитивности SARS-CoV-2 qRT-PCR (с 11% до 2%) в образцах с больничных поверхностей. Несмотря на то, что в некоторых из них мы обнаружили практически полные геномные последовательности, ни один из положительных образцов (11 из 224) не вызвал цитопатического эффекта в культивируемых клетках, что позволяет предположить, что нуклеиновая кислота либо не была ассоциирована с интактными вирионами, либо они присутствовали в недостаточном для инфекционности количестве. Филогенетический анализ показал, что геномы SARS-CoV-2 в положительных образцах были происходят от госпитализированных пациентов. Геномные последовательности, выделенные из отрицательных образцов с помощью qRT-PCR, свидетельствуют о более высокой чувствительности обнаружения вируса методом секвенирования.
Это исследование подтверждает низкую вероятность того, что контаминированные SARS-CoV-2 больничные поверхности содержат инфекционный вирус, оспаривая важность фомитов в передаче COVID-19. Это первое сообщение о выявлении практически полных геномных последовательностей SARS-CoV-2 непосредственно из мазков с поверхностей окружающей среды.
