Новости

Цели Для диагностики нового заболевания КОВИД-19 рекомендуется прямая идентификация РНК SARS-CoV-2 в мазках носоглотки. На конечный результат могут повлиять преаналитические детерминанты, такие как процедуры отбора проб, время и температурные условия хранения. Нашей целью была оценка влияния процедур отбора проб, времени и температуры хранения первичных носоглоточных мазков на результаты rRT-PCR. Методы Каждый носоглоточный мазок, полученный от 10 госпитализированных больных, был разделен на 15 аликвот: пять хранились при комнатной температуре; пять охлаждались (+4 °С); пять сразу смешивались с буфером экстракции и охлаждались при +4 °С. Ежедневно и в течение 5 дней анализировали по одному аликвоту (rRT-PCR) для сравнения гена E и RNaseP гена SARS-CoV-2 и пороговых циклов (Ct). Для оценки ручной выборки дважды отбиралось 70 мазков носоглотки двумя разными операторами и анализировалось отдельно один от другого. Результаты В общей сложности 6/10 мазков были положительными на SARS-CoV-2. Не наблюдалось значительных вариаций Ct, связанных со временем забора или условиями хранения. Повторная выборка мазков с Ct ниже 33 привела к высокой воспроизводимости результатов (CV=2.9%), в то время как высокая вариабельность наблюдалась, когда значения Ct были выше 33 (CV=10.3%). Выводы Данное исследование показывает, что время и температура хранения носоглоточных мазков не оказывают существенного влияния на воспроизводимость результатов. Тем не менее, взятие мазков является критическим шагом, и особенно в случае низкой вирусной нагрузки, может стать потенциальным источником диагностических ошибок.

Цели На последней фазе пандемии КОВИД-19 в Италии сообщалось о более мягком клиническом течении SARS-CoV-2. Этому могли способствовать несколько факторов, в том числе эффект карантина, социальная дистанцированность, снижение влажности, уменьшение загрязнения воздуха и потенциальные изменения патогенности вируса. В этой связи клиническая тяжесть КОВИД-19 может быть ослаблена также мутациями в геноме SARS-CoV-2, снижающими его вирулентность, а также более низкой концентрацией вируса. Методы В данном пилотном исследовании мы сравнили профиль RT-PCR 100 мазков носоглотки, собранных последовательно в апреле, в пик эпидемии SARS-CoV-2, с профилем амплификации 100 мазков, собранных по той же методике в мае. Результаты Среднее значение Ct (cycle threshold) положительных образцов, собранных в мае, было значительно выше, чем у образцов, собранных в предыдущем периоде (ген ORF 1a/b: 31,85 ± 0,32 против 28,37 ± 0,5, p<0,001; ген E: 33,76 ± 0,38 против 29,79 ± 0,63, p<0,001), что указывает на более низкую вирусную нагрузку в момент отбора образцов. Существенных различий между мужчинами и женщинами за эти два периода не наблюдалось, в то время как более высокие вирусные нагрузки были обнаружены (i) у пациентов старше 60 лет и (ii) у пациентов, с тяжелой формой КОВИД-19. Выводы Данное пилотное исследование побуждает к дальнейшему изучению корреляции между нагрузкой SARS-CoV-2 и различными клиническими проявлениями КОВИД-19 во время различных фаз пандемии. Лаборатории должны рассмотреть возможность представления количественных данных о вирусной нагрузке в молекулярной диагностике инфекции SARS-CoV-2.