Дельтакрон: вариант, которого не существует
На прошедшей неделе быстро распространилась новость о "суперварианте", сочетающем Дельту и Омикрон, но исследователи утверждают, что такого варианта никогда не существовало, а сиквенсы могли появиться в результате лабораторного загрязнения.
7 января вирусолог Леондиос Кострикис объявил по местному телевидению, что его исследовательская группа в Университете Кипра в Никосии выявила несколько геномов вируса SARS-CoV-2, в которых присутствуют элементы вариантов Дельта и Омикрон. Назвав их "Дельтакрон", Кострикис и его группа в тот же вечер загрузили 25 последовательностей в популярный публичный репозиторий GISAID, а через несколько дней - еще 27. 8 января финансовые новости Bloomberg подхватили эту историю, и Дельтакрон стал международной новостью.
Реакция научного сообщества была быстрой. Многие специалисты заявили в социальных сетях и в прессе, что 52 последовательности не указывают на новый вариант и не являются результатом рекомбинации - генетического обмена информацией - между вирусами, а, скорее всего, возникли в результате контаминации в лаборатории.
"Не существует такого понятия, как #Дельтакрон", - написала 9 января в Твиттере Крутика Куппалли, член технической группы ВОЗ по COVID-19. "#Омикрон и #Дельта НЕ образовали супервариант".
История о том, как небольшой набор сиквенсов SARS-CoV-2 оказался в центре короткого и напряженного научного спора, довольно запутанна. И хотя некоторые исследователи аплодируют системе за быстрое обнаружение возможной ошибки в секвенировании, другие предупреждают, что события прошлой недели могут стать поучительным примером распространения дезинформации во время пандемии.
Кострикис говорит, что некоторые аспекты его первоначальной гипотезы были неверно истолкованы, и что, несмотря на неоднозначное название, которое некоторые СМИ восприняли как то, что последовательности принадлежат рекомбинантному вирусу Дельта-Омикрон, он никогда не говорил, что последовательности представляют собой гибрид этих двух вирусов. Тем не менее, через 72 часа после того, как исследователи загрузили последовательности, Кострикис удалил их из публичного доступа к базе данных до проведения дальнейшего расследования.
Шерил Беннетт, сотрудник офиса Фонда GISAID в Вашингтоне, говорит, что, поскольку с января 2020 года в базу данных GISAID было загружено более 7 миллионов геномов SARS-CoV-2, некоторые ошибки в секвенировании не должны стать сюрпризом. "Однако поспешные выводы на основании данных, которые только что были предоставлены лабораториями, испытывающими значительные временные трудности в своевременном получении данных, не помогут ни при какой вспышке", - говорит она.
Последовательности Дельтакрона были получены из образцов вируса, полученных Кострикисом и его сотрудниками в декабре в рамках усилий по отслеживанию распространения вариантов SARS-CoV-2 на Кипре. Изучая некоторые из сиквенсов, исследователи заметили генетическую сигнатуру, подобную омикронной, в гене белка спайка. В электронном письме в Nature Кострикис объясняет, что его первоначальная гипотеза заключалась в том, что некоторые частицы вируса Дельта независимо эволюционировали с мутациями в гене спайка, схожими с теми, что характерны для Омикрона. Но после широкого освещения в новостях другие ученые, работающие над генетическим секвенированием и COVID-19, указали на другую возможность: лабораторную ошибку.
Секвенирование любого генома зависит от праймеров - коротких кусочков ДНК, которые служат отправной точкой для секвенирования, связываясь с целевой последовательностью. У Дельты, однако, есть мутация в гене спайка, которая снижает способность некоторых праймеров связываться с ним, что затрудняет секвенирование этой области генома. Омикрон не имеет такой мутации, поэтому, если в образец попали частицы Омикрона в результате контаминации, это может сделать секвенированный ген спайка похожим на ген Омикрона, говорит Джереми Камил, вирусолог из Университета штата Луизиана в Шривпорте. Этот тип контаминации, говорит Камил, "очень, очень распространен".
Кострикис возражает, что если бы Дельтакрон был продуктом загрязнения, то секвенирование должно было бы выявить последовательности Омикрона с мутациями, подобными Дельте, поскольку Омикрон имеет свою собственную мутацию, препятствующую праймеру. Он добавляет, что аргумент о лабораторной контаминации Дельтакрона был "выдвинут социальными медиа без учета наших полных данных и без предоставления каких-либо реальных убедительных доказательств того, что он не существует". Однако другие исследователи также отмечают, что даже если эти последовательности не являются результатом загрязнения, мутации, выявленные Кострикисом, не являются эксклюзивными для Омикрона и встречаются в других вариантах, что делает Дельтакрон ошибочным термином.
По словам Томаса Пикока, вирусолога из Имперского колледжа Лондона, GISAID изобилует последовательностями, содержащими элементы последовательностей, встречающихся в других вариантах. Такие последовательности "загружаются постоянно", - говорит он. "Но, как правило, людям не приходится их оспаривать, потому что о них не пишет международная пресса".
Сейчас Кострикис говорит, что он "находится в процессе изучения всех критических мнений, высказанных видными учеными по всему миру по поводу моего недавнего заявления". Он говорит, что планирует представить исследование на экспертную оценку. Пока же Камил и другие исследователи опасаются, что подобные инциденты могут заставить ученых более осторожно делиться данными. "Вы должны дать возможность научному сообществу исправить ситуацию", - говорит он.
"Во время пандемии необходимо содействовать быстрому обмену данными о вирусных геномах, потому что именно так мы находим новые варианты".
