Отслеживание генетического разнообразия SARS-CoV-2 крайне необходимо, поскольку диверсифицирующий отбор может привести к появлению новых вариантов, устойчивых к естественно приобретенному или вызванному вакциной иммунитету.
Для мониторинга Нью-Йорка на наличие новых вариантов, мы провели глубокое секвенирование большей части кодирующей последовательности домена связывания рецептора S белка SARS-CoV-2, выделенного из сточных вод Нью-Йорка. В данном исследовании мы сообщаем об обнаружении растущей частоты новых неизвестных ранее линий SARS-CoV-2, не зарегистрированных в базе данных EpiCoV GISAID.
Эти линии содержат мутации, которые редко наблюдались в клинических образцах, включая Q493K, Q498Y, E484A и T572N, и имеют много общих мутаций с вариантом Омикрон. Некоторые из этих мутаций расширяют тропизм псевдовирусов SARS-CoV-2, позволяя инфицировать клетки, экспрессирующие рецептор ACE2 человека, мыши или крысы. Наконец, псевдовирусы, содержащие аминокислотную последовательность шипа этих линий, были устойчивы к различным классам моноклональных антител, нейтрализующих домен связывания рецептора.
Мы предлагаем несколько гипотез аномального присутствия этих линий, включая возможность того, что эти линии происходят от невыявленных инфекций COVID-19 человека или что они указывают на существование животного резервуара, не относящегося к человеку.
