Дыхательные пути населены специализированной микробной экосистемой, которая засевается во время и непосредственно после рождения.
Нарушение развития микробного сообщества дыхательных путей в раннем возрасте связано с повышенной восприимчивостью к инфекциям дыхательных путей (ИДП). Учитывая постоянный разрыв во времени между первыми признаками аномального микробного созревания и наблюдением за первыми ИДП, мы предположили, что перекрестные связи между хозяином и микроорганизмами в раннем возрасте играют определенную роль в этом процессе. Поэтому мы исследовали присутствие вирусов, профили экспрессии генов и микробиоту носоглотки с момента рождения до 12 месяцев у 114 здоровых младенцев. Мы показали, что наиболее сильная динамика в профилях экспрессии генов произошла в течение первых дней жизни, в основном за счет сигналов Toll-подобных рецепторов (TLR) и инфламмасом.
Эта динамика экспрессии генов совпала с быстрой дифференциацией микробной ниши. Ранняя бессимптомная вирусная инфекция сочеталась с более сильной активностью интерферона, что было связано с последующей специфической динамикой микробиоты, включая раннее обогащение Moraxella и Haemophilus spp. Эти микробные траектории, в свою очередь, были связаны с более высоким числом последующих (вирусных) ИДП в течение первого года жизни. Используя мультиомный подход, мы обнаружили доказательства видоспецифических взаимодействий между хозяином и микроорганизмами, связанных с последовательной восприимчивостью к ИДП.
Хотя для подтверждения причинно-следственной связи наших результатов потребуется дальнейшая работа, в совокупности эти данные указывают на то, что встречи с вирусами в раннем возрасте могут влиять на последующие перекрестные связи между хозяином и микроорганизмами, которые ассоциируются с инфекциями в последующей жизни.
