В обозримом будущем коронавирус SARS-CoV-2 продолжит эволюционировать в новые варианты, которые приведут к новым волнам инфекций.
В 2020 и 2021 годах ВОЗ объявила о появлении вызывающих беспокойство вариантов, дав им имена из греческого алфавита. Но в этом году Омикрон по-прежнему остается в центре внимания, а члены его семейства - субварианты - провоцируют всплески, поскольку они уклоняются от антител, выработанных людьми в результате предыдущих инфекций и вакцин. Например, субвариант Омикрона BA.2.12.1 набирает силу в Северной Америке, на его долю приходится около 26% геномов SARS-CoV-2, представленных в рамках инициативы по сбору данных GISAID, а BA.4 и BA.5 быстро распространяются в Южной Африке, составляя более 90% секвенированных геномов.
Учитывая растущее доминирование этих подвариантов, журнал Nature побеседовал с исследователями, чтобы разобраться в нынешних запутанных названиях и узнать, почему ВОЗ не дала им греческие названия, которые могли бы подтолкнуть политиков к более решительным действиям.
Как ученые определяют разновидности?
SARS-CoV-2 приобретает мутации в процессе репликации в клетках. Технически это означает, что каждый день возникают миллионы вариантов. Но большинство мутаций не улучшают способность вируса выживать и размножаться, и поэтому эти варианты теряются со временем - их вытесняют более совершенные версии.
Однако небольшая часть вариантов все же набирает силу. Когда это происходит, исследователи, осуществляющие геномный надзор, отмечают образцы, в которых присутствует один и тот же набор различных мутаций. Чтобы выяснить, представляют ли эти образцы новую ветвь на семейном древе SARS-CoV-2, они обращаются к биоинформатикам, которые создали системы номенклатуры для вирусов. Одна из популярных групп под названием Pango состоит из примерно двух десятков эволюционных биологов и биоинформатиков, которые сравнивают сиквенсы образцов с сотнями других с помощью филогенетического программного обеспечения.
Название группы происходит от названия программы под названием Pangolin, изначально созданной биоинформатиком Айне О'Тул из Эдинбургского университета (Великобритания). Если анализ покажет, что новые образцы произошли от одного и того же недавнего общего предка, это будет означать, что они представляют собой отдельную линию на древе коронавирусов. При определении того, стоит ли давать название этой линии, Pango учитывает, стали ли варианты появляться чаще с течением времени, и находятся ли их мутации в тех областях вируса, которые могут дать ему конкурентное преимущество. На данный момент название линии не указывает на риск. Скорее, она позволяет ученым следить за вариантом и узнавать больше.
"Мы хотим назвать все, что бросается нам в глаза на ранней стадии, чтобы мы могли определить его, отследить и понять, быстро ли он растет по сравнению с другими линиями", - говорит Эндрю Рамбаут, эволюционный биолог из Эдинбургского университета и член Pango. "Скорее всего, вы не услышите о большинстве названных нами линий, - говорит он, - потому что они не смогли конкурировать с другими вариантами SARS-CoV-2 и исчезли".
Как дают названия вариантам?
При присвоении названия варианту комитет Pango использует иерархическую систему, которая указывает на эволюционную историю варианта и время его обнаружения по сравнению с другими. Начальные буквы в названии отражают время, когда Pango дал линии название, следуя в порядке от A до Z, затем от AA до AZ, BA до BZ и так далее. Следующие цифры, разделенные знаком "точка", указывают на порядок ответвлений от данного рода. Например, BA.1, BA.2, BA.3, BA.4 и BA.5 - это первые пять ветвей, происходящих от первоначального предка Омикрона. А BA.2.12.1 - это 12-я линия, ответвившаяся от BA.2, и первая названная ветвь на этой 12-й ветви. Все субварианты являются вариантами, но исследователи используют первый термин, когда хотят намекнуть, что линии принадлежат к более крупной группе, такой как Омикрон.
Если вариант обходит иммунную систему гораздо эффективнее, чем другие циркулирующие вирусы, вызывает более тяжелые заболевания или гораздо более трансмиссивен, ВОЗ может определить его как "вариант, вызывающий беспокойство" и изменить его название на греческую букву. Например, многочисленные вызывающие беспокойство мутации в варианте, обозначенном как B.1.1.529 в прошлом году, в сочетании с его быстрым ростом, побудили ВОЗ изменить его название на Омикрон в ноябре 2021 года. В то время как технические названия Pango призваны помочь исследователям отслеживать эволюцию SARS-CoV-2, система ВОЗ ставит на первое место простоту информирования общественности.
Учитывая все эти варианты, эволюционирует ли SARS-CoV-2 быстрее, чем другие вирусы? Не обязательно, говорит Рамбаут. Исследователи находят невероятное разнообразие в SARS-CoV-2, но они также секвенируют этот вирус с беспрецедентной скоростью.
С января 2020 года на популярную платформу данных GISAID было загружено рекордное количество геномов SARS-CoV-2 - 11 миллионов. Для сравнения, в базу данных GISAID EpiFlu с мая 2008 года исследователи загрузили только около 1,6 миллиона последовательностей вируса гриппа.
Тем не менее, говорит Рамбаут, остается много вопросов о том, как развивается SARS-CoV-2, потому что секвенирование почти отсутствует в некоторых частях мира, а некоторые страны с бушующими вспышками сокращают масштабы геномного наблюдения.
Могут ли субварианты Omicron, такие как BA.4, со временем получить греческие названия?
Да, хотя этого еще не произошло. Некоторые исследователи утверждают, что субварианты Омикрона, которые в настоящее время вызывают всплески, такие как BA.4 и BA.2.12.1, заслуживают более простых названий для облегчения коммуникации с правительствами и общественностью в то время, когда отношение к мерам борьбы с COVID-19, таким как защитные маски, ослабевает. Они также отмечают, что в отличие от субвариантов Дельты, о которых мало говорилось в СМИ, BA.4 и BA.2.12.1 могут преодолеть иммунитет, полученный в результате более раннего заражения другими субвариантами Омикрона. Это было неожиданно, говорит Хурия Тегалли, биоинформатик из Центра реагирования на эпидемии и инноваций в Стелленбоше, Южная Африка. "Все думали, что только новые варианты могут вызвать новые волны, но теперь, когда мы видим, что Омикрон может это сделать, возможно, нам следует адаптировать систему наименований", - предполагает она.
Но ВОЗ пока сопротивляется этой идее. Вирусолог ВОЗ Лоренцо Субисси говорит, что способность уклоняться от иммунитета не сильно отличается у разных субвариантов Омикрона. Он добавляет, что оценка агентства может измениться, если будущие исследования докажут, что какой-либо субвариант Омикрона вызывает более тяжелые заболевания, чем другие его разновидности. Технический руководитель ответных мер ВОЗ по COVID-19 Мария Ван Керкхове добавляет, что агентство также не рекомендует менять техническое обозначение на греческое название в надежде подтолкнуть лидеров к более серьезному отношению к продолжающейся пандемии.
"Это уже и так очень страшный вирус, он по-прежнему убивает огромное количество людей", - говорит она, полагая, что мировые лидеры и так должны обратить на него внимание.
