Новые субварианты Омикрона, включая совсем новый BA.2.75, стучатся в дверь.
Длительное доминирование Омикрона заставляет эволюционных биологов гадать, что будет дальше. Некоторые считают, что это признак того, что первоначальное бешеное эволюционирование SARS-CoV-2 закончилось, и он, как и другие коронавирусы, которые живут с человечеством гораздо дольше, переходит в стадию постепенной эволюции. "Я думаю, можно предположить, что BA.2 или BA.5 произведут на свет потомков с большим количеством мутаций, и один или несколько из этих субвариантов распространятся и станут следующими", - говорит Джесси Блум, эволюционный биолог из Центра исследования рака Фреда Хатчинсона.
Но другие считают, что новый вариант, достаточно отличающийся от Омикрона и всех других вариантов, чтобы заслужить следующее обозначение в виде греческой буквы - Пи, уже развивается, возможно, у хронически инфицированного пациента. Но даже если Омикрон не будет заменен, его доминирование не является поводом для самоуспокоения, говорит Мария Ван Керкхове, технический руководитель проекта COVID-19 во ВОЗ. "Все уже и так плохо", - говорит она. "Если мы не можем заставить людей действовать [без] появления нового греческого названия, это уже проблема".
Ван Керкхове подчеркивает, что даже при наличии Омикрона мир может столкнуться с непрекращающимися волнами заболеваний по мере ослабления иммунитета и появления новых субвариантов. Она также обеспокоена тем, что усилия по наблюдению, которые позволили исследователям обнаружить Омикрон и другие новые варианты на ранних стадиях, сокращаются или сворачиваются. "Эти системы демонтируются, их финансирование прекращается, людей увольняют", - говорит она.
Варианты, которые доминировали в 2021 году, не возникли один из другого. Вместо этого они развивались параллельно из вирусов SARS-CoV-2, циркулировавших в начале пандемии. На вирусных родословных, которые исследователи рисуют для визуализации эволюционных связей вирусов SARS-CoV-2, эти варианты появились на кончиках длинных, голых ветвей. Такая картина, по-видимому, отражает, что вирус долгое время скрывается в одном человеке и эволюционирует, прежде чем появиться и снова распространиться, значительно изменившись.
Все больше и больше исследований подтверждают, что это происходит у людей с ослабленным иммунитетом, которые не могут очистить организм от вируса и имеют длительные инфекции. Например, 2 июля геномный эпидемиолог Йельского университета Натан Грубо и его коллеги опубликовали на сайте medRxiv препринт об одном таком пациенте, которого они обнаружили случайно. Летом 2021 года их программа наблюдения в клинике Йель-Нью-Хейвен все время находила вариант SARS-CoV-2 под названием B.1.517, хотя эта линия должна была давно исчезнуть из общества. Как выяснилось, все образцы были получены от одного и того же человека - пациента с ослабленным иммунитетом в возрасте 60 лет, проходившего лечение от В-клеточной лимфомы. Он был инфицирован B.1.517 в ноябре 2020 года и до сих пор остается положительным.
Проследив за его инфекцией и наблюдая за тем, как вирус изменялся со временем, команда обнаружила, что он развивался в два раза быстрее, чем обычно развивается SARS-CoV-2. (По словам Грубо, некоторые из вирусов, циркулирующих в организме пациента сегодня, могли бы быть квалифицированы как новые варианты, если бы они были обнаружены в обществе). Это подтверждает гипотезу о том, что хронические инфекции могут способствовать "непредсказуемому появлению" новых вариантов, пишут исследователи.
Другие вирусы, у хронически инфицированных пациентов, также быстрее изменяются в пределах одного носителя, чем при распространении от одного человека к другому, отмечает Арис Кацуракис, эволюционный биолог из Оксфордского университета. Отчасти это игра цифр: у человека миллионы вирусов, но лишь немногие из них распространяются при контакте. Таким образом, многие потенциальные возможности эволюции теряются в цепи инфекций, в то время как хроническая инфекция дает бесконечные возможности для эволюции.
Но с момента появления Омикрона в ноябре 2021 года ни один новый вариант не появился из ниоткуда. Вместо этого Омикрон накапливал небольшие изменения, что позволило ему лучше избегать иммунных реакций и - вместе с ослаблением иммунитета - привело к очередным волнам. "Я думаю, что новым видам, вероятно, все труднее и труднее появиться и захватить власть, потому что все различные линии Омикрона составляют жесткую конкуренцию", - говорит Грубо, учитывая, насколько они уже трансмиссивны и ослабляют иммунитет.
Если это так, то решение США обновить вакцины COVID-19, добавив компонент Омикрона, является правильным шагом, говорит Блум; даже если Омикрон продолжает меняться, вакцина на его основе, скорее всего, обеспечит большую защиту, чем вакцина на основе более ранних вариантов.
Но все еще существует вероятность появления совершенно нового варианта, не связанного с Омикроном. Или один из предыдущих вариантов, например, Альфа или Дельта, может вернуться, вызвав хроническую инфекцию и пройдя через период ускоренной эволюции. Как отмечает Том Пикок, вирусолог из Имперского колледжа Лондона: "Это то, что мы называем вариантами второго поколения". Учитывая эти возможности, "изучение хронических инфекций сейчас важно как никогда", - утверждает Равиндра Гупта, микробиолог из Кембриджского университета. "Они могут подсказать нам, в каком направлении будет развиваться мутация вируса в популяции".
BA.2.75, который был обнаружен недавно, уже вызывает беспокойство у некоторых ученых. Прозванный Кентавром, он произошел от Омикрона, но, похоже, быстро накопил целый ряд важных изменений в своем геноме, скорее как совершенно новый вариант, чем как новый субвариант Омикрона. "Это больше похоже на Альфу, или Гамму, или Бету", - говорит Пикок.
BA.2.75, по всей видимости, сейчас распространяется в Индии, где он был впервые идентифицирован, но был обнаружен уже во многих других странах. Действительно ли он превосходит другие подварианты, пока неясно, говорит Ван Керкхове: "Данные сейчас очень ограничены". "Я определенно думаю, что за этим стоит внимательно следить", - говорит Эмма Ходкрофт, вирусолог из Бернского университета.
Однако следить за всем становится все труднее, потому что масштабы наблюдения сокращаются. Швейцария, например, сейчас регистрирует около 500 образцов в неделю, по сравнению с 2000 на пике, сообщает Ходкрофт; в Соединенных Штатах количество образцов в неделю с более чем 60 000 в январе снизилось до 10 000. "Некоторые правительства стремятся сократить средства, которые они выделяют на секвенирование", - говорит Ходкрофт. Отстаивать необходимость расходов - "непростая задача", - говорит она, - "особенно если есть ощущение, что страны вокруг вас продолжат секвенирование, даже если вы остановитесь".
Даже если вариант появляется в стране с хорошим эпиднадзором, предсказать, насколько большую угрозу он представляет, может быть сложнее, чем в прошлом, поскольку различия в прошлых волнах COVID-19, вакцинах и графиках иммунизации создали глобальную "шахматную доску" иммунитета. Это означает, что новый вариант может хорошо себя проявить в одном месте, но натолкнуться на стену иммунитета в другом. "Ситуация стала еще менее предсказуемой", - отмечает Катцуракис.
По словам Гупты, учитывая, что Омикрон проявляет себя более мягко, чем предыдущие варианты, усилия по наблюдению должны быть направлены на выявление вариантов, вызывающих тяжелые заболевания у госпитализированных пациентов. "Я думаю, что именно на этом мы должны сосредоточить наши усилия, потому что если мы будем постоянно концентрироваться на новых геномных вариантах, мы можем выдохнуться, а потом как бы упустить момент, когда что-то произойдет".
Многие вирусологи признают, что эволюция SARS-CoV-2 снова и снова заставала их врасплох. "Отчасти это был недостаток воображения", - говорит Грубо. Но какой бы сценарий ни представляли себе исследователи, Блум признает, что вирус будет идти своим путем: "Я думаю, что в конечном итоге нам остается только ждать и смотреть, что произойдет".
