Новости

В начале этого года Центры по контролю и профилактике заболеваний США (CDC) начали расследование вспышки инфекций, вызванных Listeria monocytogenes, в нескольких штатах, что, вероятно, было связано с употреблением листовой зелени.     В качестве первого шага расследования было проведено секвенирование изолятов бактерий от больных пациентов с помощью полногеномного секвенирования (WGS), результаты которого позволили выявить случаи заболевания, вызванные L. monocytogenes, и определить масштаб и распространение вспышки.    Хотя данные WGS широко используются в подобных эпидемиологических расследованиях, они не всегда включаются в истории болезни пациентов, от которых выделяются микроорганизмы, но должны ли они включаться? Почему включение этих данных важно для обоснования диагностики и лечения пациентов? Каковы проблемы и соображения, связанные с представлением данных WGS в рамках стандартной медицинской помощи? По мере расширения клинического применения и возможностей WGS (и секвенирования нового поколения в целом) ученые обсуждают эти вопросы. Что такое полногеномное секвенирование и как оно используется?    WGS - это именно то, о чем идет речь в его названии: секвенирование всего генома. Это одна из форм секвенирования следующего поколения (NGS), при которой одновременно обрабатываются миллионы отдельных фрагментов ДНК из образца. Для проведения WGS обычно используются чистые изолированные колонии микроорганизмов, культивируемые в лаборатории; полученные данные позволяют получить подробную информацию о генетическом коде микроорганизмов, включая эволюционные взаимоотношения между изолятами, что имеет различные клинические и эпидемиологические аспекты дальнейшего использования этих данных.    WGS используется для исследований в области общественного здравоохранения, в том числе для характеристики и наблюдения за вспышками заболеваний. Оно также позволяет проводить тонкую идентификацию штаммов бактерий (например, серотипирование Salmonella) и может расширить возможности по выявлению генов резистентности к противомикробным препаратам (AMR) и генов, связанных с вирулентностью и патогенностью, в бактериальных изолятах, в том числе от пациентов. В связи с этим, хотя данные WGS собираются из изолятов пациентов, традиционно в контексте общественного здравоохранения и эпидемиологии, вопрос о том, следует ли включать эти данные в истории болезни, и если да, то каким образом, является все более актуальным.    Почему включение данных WGS в истории болезни важно? Для Эстер Бабади, директора службы клинической микробиологии в Онкологическом центре Memorial Sloan-Kettering, вопрос о том, следует ли включать данные WGS в истории болезни, вообще не является вопросом. Ее позиция: "Покажите мне данные". Другими словами, если данные WGS доступны, они должны быть включены в истории болезни. В ходе научной сессии ASM Microbe 2023, организованной в стиле дебатов, она привела несколько причин этого. 1.Это возможность лучше лечить пациентов    "Если мы получим больше информации о конкретных организмах, то, возможно, сможем лучше лечить и заботиться о наших пациентах", - говорит Бабади. Она указала на недавнее исследование, в котором изучалась чувствительность к противогрибковым препаратам изолятов грибкового патогена Candida auris, принадлежащих к 3 различным кладам, циркулирующим в Великобритании. Хотя все изоляты были устойчивы к противогрибковому препарату флуконазолу, степень устойчивости различалась в зависимости от принадлежности изолята к той или иной кладе. Поэтому определение клады изолята C. auris пациента с помощью WGS может помочь врачам более эффективно управлять инфекцией конкретного пациента, поясняет Бабади.     Действительно, в другом исследовании было показано, что WGS SARS-CoV-2 в образцах пациентов в режиме реального времени позволяет ученым выявлять персистирующие инфекции, оценивать мутации, обусловливающие устойчивость к лечению, и, в конечном итоге, направлять лечение пациента. "Возможность определить вариант SARS-CoV-2 у пациента в режиме реального времени была очень полезна, особенно с учетом того, что варианты терапии постоянно менялись", - отметила Бабади. 2.Включение этих данных в истории болезни уже происходит (в определенной степени)    Многие учреждения уже предлагают тесты на основе NGS (некоторые из них включают WGS), которые могут заказываться врачами и сообщать им о результатах. Бабади подчеркнула, что такие тесты выполняются лабораториями, сертифицированными по программе Clinical Laboratory Improvement Amendments (CLIA, орган, устанавливающий стандарты для определенных лабораторных исследований), и, таким образом, валидированы и одобрены для клинического использования. Она привела пример Университета Вашингтона, где врачи могут заказать тест на основе 16S NGS для выявления бактерий и получить в ответ готовый отчет. Бабади также привела дополнительные примеры, полученные в результате сбора информации от своих коллег по клинической микробиологии, включая генотипирование бактериальных патогенов, идентификацию подвидов бактерий и грибов и т.д. Таким образом, по мнению Бабади, в представлении данных NGS/WGS нет ничего нового. 3. Вообще-то есть закон    В некотором смысле, заявила Бабади, вопрос о том, следует ли включать данные WGS в карты пациентов не корректен - "для этого есть закон". Она привела в пример блокирование информации - практику, описанную в американском Законе 21st Century Cures Act, которая запрещает действия медицинского работника или поставщика услуг, которые "могут помешать доступу, обмену или использованию электронной медицинской информации". Большинство клинических записей, включая данные и результаты NGS, переведены в цифровой формат. Поэтому, по мнению Бабади, несообщение пациентам данных WGS может рассматриваться в США как препятствование доступу к информации. "Вы не можете сделать ничего, чтобы предотвратить предоставление информации, значимой для лечения", - заявила она.    Но что именно является "значимым" для лечения пациентов? Когда речь идет о WGS, это может быть не совсем понятно, но наличие готовых данных может оказаться важным в дальнейшем. Если данные WGS доступны, то "на самом деле нет никаких минусов [в их представлении]", -отметила Бабади. "Если они полезны, то это замечательно; если нет, то они все равно есть. Больше информации в правильном контексте - это всегда хорошо". Трудности использования WGS в клинической практике    По словам Джослин Хаузер, заведующей лабораторией отдела судебно-медицинской экспертизы лаборатории общественного здравоохранения округа Колумбия, использование данных WGS для принятия клинических решений сопряжено с определенными трудностями и соображениями, которые необходимо принимать во внимание.    Ученые (и врачи) могут многое узнать о микробах из их геномов, но не все. "Мы знаем, что помимо ДНК существуют и другие вещи, влияющие на реальный фенотип [микроба]", - отмечает Хаузер, - например, посттрансляционные модификации. В связи с этим "использование только последовательности нуклеотидов может стать проблемой и "подводным камнем" [для принятия] клинических решений". Например, такие признаки, как лекарственная резистентность и вирулентность, являются сложными и контекстно-зависимыми, зависящими от различных физиологических и экологических факторов. Секвенирование может не уловить всех нюансов, необходимых для точного определения фенотипов AMR или вирулентности. По этой причине данные WGS могут использоваться в сочетании с другими фенотипическими тестами.    Еще один вопрос, на который необходимо ответить: "Что сообщать?" Сообщаем ли мы обо всем геноме [организма]? Или мы сообщаем только о значимых вариантах [патогена]? Что делать с вариантами, значение которых неопределенно, - сообщать о них или не сообщать. Хаузер подчеркнула, что при представлении результатов WGS приходится чрезмерно упрощать сложные данные, особенно если данные WGS получены из микробного изолята, а сообщаются только данные о вариантах (которые могут зависеть от вариаций в одной генетической последовательности). Необходимо найти баланс между предоставлением достаточного количества информации и ее усвоением целевой аудиторией (т.е. врачами).    Интерпретируемость данных также является одним из ключевых моментов. "Необходима доказательная информация, чтобы врачи могли ориентироваться в лечении и в том, как использовать эти данные", - говорит Хаузер. Она задается вопросом, должны ли результаты WGS просто предоставляться врачу, который затем определяет, что эти данные значат для него? Или для интерпретации отчета необходимы специалисты (например, клинические микробиологи, работающие в сотрудничестве с биоинформатиками)? Хаузер ссылается на исследование 2016 года, в котором оценивалась готовность врачей первичного звена и кардиологов к широкому использованию WGS. В целом врачи испытывали беспокойство по поводу интерпретации/реагирования на данные WGS, что отчасти объяснялось отсутствием руководства по отчетам WGS, нехваткой времени и отсутствием стандартов.    Хотя данное исследование не было специально посвящено WGS микробных изолятов, Хаузер подчеркнула, что аналогичные проблемы могут возникать и в контексте клинической и диагностической микробиологии. Однако ученые разрабатывают стратегии создания альтернативных отчетов для данных WGS, более доступных для практических врачей, что может помочь снять некоторые из этих проблем. "Формат - это то, что мы можем придумать", - считает Бабади.    В настоящее время WGS не является рутинной частью клинической или диагностической микробиологии, но по мере расширения областей применения NGS это может стать возможным. Хотя традиционно эти методы применяются в эпидемиологии, существует стимул для включения данных WGS в истории болезни. Хаузер обратила внимание на то, что в анализе и отчетности по WGS имеются недостатки, которые должны быть устранены до того, как такая отчетность станет стандартной. По мнению Бабади, время для отчетности пришло. "Именно так мы строим будущее, которого мы хотим", - сказала она, указав, что данные NGS/WGS могут быть интегрированы в модели, способствующие развитию прецизионного здравоохранения. "Мы не можем бояться будущего, которого мы хотим. В конечном итоге нам необходимо, чтобы эта информация находилась там же, где и остальная клиническая информация и метаданные".

Несмотря на резкое снижение заболеваемости гриппом во время пандемии COVID-19, сегодня он представляет собой серьезную угрозу для здоровья и социально-экономической сферы.   Вакцинация против гриппа, масочный режим и другие методы профилактики инфекций являются эффективными мерами борьбы. Тем не менее, угроза возникновения тяжелой сезонной эпидемии или пандемии гриппа сохраняется из-за антигенного несоответствия между циркулирующими вирусами и вакцинными штаммами, неадекватного ответа на вакцинацию среди пациентов из групп риска и с ослабленным иммунитетом, а также риска распространения зоонозов среди людей.    Противовирусные препараты стали основным средством лечения гриппа, снижающим репликацию вируса и уменьшающим сопутствующие симптомы. В США разрешены к применению три класса противовирусных препаратов - адамантаны, ингибиторы нейраминидазы и ингибиторы полимеразной кислотной эндонуклеазы. Эффективность монотерапии противовирусными препаратами - ингибиторами нейраминидазы, такими как осельтамивир, перамивир или занамивир, - при более тяжелой инфекции и у госпитализированных пациентов ограничена данными обсервационных исследований.    Руководство Общества инфекционных болезней Америки по гриппу 2018 года рекомендует как можно раньше начинать противовирусную терапию с одного ингибитора нейраминидазы у госпитализированных пациентов независимо от продолжительности заболевания. Руководство не рекомендует использовать комбинированную терапию. Тем не менее, комбинированная противовирусная терапия позволила улучшить клинические результаты при других вирусных заболеваниях, таких как ВИЧ, гепатит С и гепатит В. Новые противогриппозные препараты с новыми механизмами действия расширяют возможности комбинированной терапии как способа улучшения клинических исходов, особенно при тяжелом течении заболевания. Почему именно комбинированная терапия?    Сезонная инфекция гриппа А или В имеет широкий спектр проявлений - от бессимптомной инфекции до тяжелого заболевания. Поскольку вирус гриппа является одноцепочечным РНК-вирусом, отсутствие коррекции РНК-полимеразы в процессе вирусной репликации приводит к высокой частоте мутаций и последующему изменению тяжести заболевания. В результате антигенного дрейфа возникают точечные мутации, приводящие к изменению поверхностных белков - гемагглютинина и нейраминидазы. Антигенный дрейф является важной причиной того, что люди могут быть инфицированы гриппом несколько раз в течение жизни и что состав противогриппозных вакцин пересматривается ежегодно. Антигенный сдвиг - это резкое, значительное изменение, приводящее к появлению новых поверхностных белков гемагглютинина и/или нейраминидазы. Когда происходит антигенный сдвиг, у людей часто практически отсутствует иммунитет. Постоянная эволюция вируса гриппа продолжает стимулировать поиск комбинированной противовирусной терапии.    Парадигма комбинированных противовирусных препаратов была изучена в отношении гриппа еще в 1970-х годах. С тех пор было опубликовано несколько исследований in vitro, посвященных применению двух противовирусных препаратов, однако их результаты остаются противоречивыми. Комбинированная терапия может уменьшить селекцию механизмов резистентности к противовирусным препаратам. Резистентные штаммы вирусов были обнаружены для всех противогриппозных препаратов, одобренных FDA. Адамантаны, воздействующие на протонный канал М2 вирусов гриппа А, в настоящее время имеют ограниченное клиническое применение, поскольку почти все вирусы имеют замену М2, которая обусловливает резистентность.     Было показано, что комбинированная противовирусная терапия ВИЧ и гепатита С снижает селекцию резистентных вирусов при оптимальном соблюдении режима лечения. Кроме того, комбинированная терапия может принести наибольшую пользу в группах повышенного риска, таких как пациенты с ослабленным иммунитетом или тяжелобольные, поскольку длительный прием противовирусных препаратов может увеличить вероятность селекции резистентных вирусов.    Среди других причин, обусловливающих интерес к комбинированной терапии, - возможное снижение дозировок, уменьшающее риски лекарственной токсичности или побочных эффектов. Однако комбинированная терапия повышает необходимость тщательной оценки лекарственных взаимодействий. Еще одним возможным преимуществом является снижение тяжелых исходов или осложнений вторичной инфекции при комбинированной терапии. Предыдущие исследования показали сокращение сроков госпитализации и уменьшение прогрессирования тяжелой формы заболевания при своевременной монотерапии; будет важно сравнить эти результаты с комбинированной терапией. Еще одной областью дальнейшего изучения является определение того, как синергетический эффект комбинации противовирусных препаратов in vitro (т.е. снижение вирусной нагрузки) коррелирует с клиническими исходами и симптомами. Исследование FLAGSTONE    Кумар и коллеги провели рандомизированное двойное слепое плацебо-контролируемое исследование преимуществ среди госпитализированных пациентов в возрасте 12 лет и старше с тяжелой формой гриппа в 25 странах под названием FLAGSTONE. В период с января 2019 г. по март 2020 г. пациенты получали либо балоксавир плюс ингибитор нейраминидазы, либо плацебо плюс ингибитор нейраминидазы.    Балоксавир марбоксил - это кап-зависимый ингибитор эндонуклеазы, назначаемый в разовой дозе, который был одобрен FDA в 2018 году для лечения острого неосложненного гриппа у пациентов в возрасте 12 лет и старше с симптомами до 48 часов.    Рандомизированные контролируемые исследования CAPSTONE-1 и CAPSTONE-2 фазы 3 показали, что балоксавир приводил к более быстрому улучшению симптомов и снижению вирусной нагрузки, а также уменьшению количества осложнений среди пациентов с высоким риском развития грипп-ассоциированных осложнений, соответственно, по сравнению с плацебо. Кроме того, время улучшения симптомов было одинаковым для балоксавира и осельтамивира, причем наибольший эффект наблюдался при назначении противовирусных препаратов в течение 48 часов после появления симптомов.    В исследовании FLAGSTONE балоксавир вводился энтерально в 1-й день для пациентов с массой тела от 40 до 80 кг и в 1-й и 4-й дни для пациентов с массой тела более 80 кг. При отсутствии клинического улучшения на 5-й день препарат назначался на 7-й день. В исследование было включено 366 пациентов в период до 96 часов от начала симптомов заболевания, которые были рандомизированы в группу балоксавир-оселтамивир (n = 241) или в группу плацебо-оселтамивир (n = 125). Из них 322 пациента были включены в модифицированную популяцию "намерение-лечение" (208 в группе балоксавира и 114 в контрольной группе), на основании которой проводился весь анализ эффективности.    Из 322 пациентов 87% были инфицированы гриппом А. Только 39% пациентов в группе балоксавира получили балоксавир в течение 48 часов после появления симптомов. В общей сложности 27 пациентов в группе балоксавира и 17 в контрольной группе в начальный период нуждались в госпитализации в отделение интенсивной терапии, причем шесть и девять пациентов, соответственно, находились на искусственной вентиляции легких.    Медиана времени до клинического улучшения составила 97,5 часа в группе балоксавира и 100,2 часа в контрольной группе. Субанализы, включавшие время от начала симптомов до начала лечения и подтип вируса, показали сходное время наступления клинического улучшения. Медиана времени до прекращения выделения культивируемого вируса была значительно короче в группе балоксавира (23,9 часа), чем в контрольной группе (63,7 часа). Показатели безопасности в обеих группах были сходными, и обе группы хорошо переносили лечение.    Комбинированная терапия в исследовании FLAGSTONE не привела к улучшению клинических результатов, даже несмотря на более длительную продолжительность выделения вируса в контрольной группе. Возможно, на клинические результаты повлияли сроки приема балоксавира - большинство пациентов получали его через 48 часов после появления симптомов.    Комбинированная противовирусная терапия, направленная на быстрое подавление вирусной репликации, может быть не столь эффективна при прогрессирующем, более тяжелом течении заболевания. Необходимо провести дополнительные исследования, чтобы лучше понять влияние комбинированной терапии, особенно балоксавира плюс ингибитора нейраминидазы, на иммунокомпрометированных пациентов, у которых может наблюдаться длительное выделение вируса.    Хотя иммуносупрессия не являлась критерием исключения в исследовании FLAGSTONE, в него было включено очень мало пациентов с такими клиническими характеристиками. Комбинированная противовирусная терапия гриппа не станет "серебряной пулей", и ее не следует назначать в соответствии с существующими рекомендациями до тех пор, пока не будут опубликованы более надежные и подтверждающие данные. Как и в случае с другими инфекциями, необходим многосторонний подход к оптимальному лечению и ведению гриппа. Необходима разработка новых противовирусных препаратов для борьбы с возникновением резистентности к ним.    В настоящее время в лечении гриппа наметились перспективы, возможен поворот к более раннему распознаванию, а последующее лечение может не только повысить эффективность противовирусных препаратов, но и поддержать основные меры профилактики гриппозной инфекции. Список цитируемой литературы: Batool S, et al. Microorganisms. 2023;doi:10.3390/microorganisms11010183. Beigel JH, et al. Lancet Infect Dis. 2017;doi:10.1016/S1473-3099(17)30476-0. Koszalka P, et al. PLoS Pathog. 2022;doi:10.1371/journal.ppat.1010481. Kumar D, et al. Lancet Infect Dis. 2022;doi:10.1016/S1473-3099(21)00469-2.Uyeki TM, et al. Clin Infect Dis. 2018;doi:10.1093/cid/ciy866.