Дыхательная недостаточность ассоциируется с повышенной летальностью у пациентов с COVID-19. Не существует валидированных биомаркеров нижних дыхательных путей для прогнозирования клинического исхода. Мы изучили, связаны ли бактериальные респираторные инфекции с плохим клиническим исходом COVID-19 в проспективной обсервационной когорте из 589 тяжелобольных взрослых, все из которых нуждались в механической вентиляции. Для подгруппы из 142 пациентов, которым была проведена бронхоскопия, мы определили количественную вирусную нагрузку SARS-CoV-2, проанализировали микробиом нижних дыхательных путей с помощью метагеномики и метатранскриптомики и профилировали иммунный ответ хозяина.
Приобретение внутрибольничного респираторного патогена не было связано с летальным исходом. Плохой клинический исход был связан с обогащением нижних дыхательных путей оральным комменсалом (Mycoplasma salivarium). Повышенная численность SARS-CoV-2, низкая реакция антител против SARS-CoV-2 и выраженный транскриптомный профиль хозяина нижних дыхательных путей в наибольшей степени предсказывали летальный исход.
Наши данные свидетельствуют о том, что вторичные респираторные инфекции не определяют летальность при COVID-19, а стратегии клинического ведения должны быть направлены на снижение вирусной репликации и максимальное усиление реакции хозяина на SARS-CoV-2.
