Энтеротоксигенная Escherichia coli (ETEC) является основным этиологическим агентом диареи путешественников и серьезной причиной диарейных заболеваний и смертности в развивающихся странах.
Известно, что штаммы ETEC O169:H41 вызывают как диарею путешественников, так и вспышки заболеваний пищевого происхождения в развитых странах и вызывают беспокойство. В данном исследовании полногеномное секвенирование (WGS) было использовано для сборки 46 предварительных геномов E. coli O169:H41 (ST182), полученных из двух образцов авиационных отходов, взятых в международном аэропорту Германии.
Геномы ST182 были сопоставлены со всеми 84 общедоступными, географически разнообразными геномами ST182 для построения филогенетического дерева. Все изоляты ST182 относились к филогруппе E, большинство серотипа O169:H41 (n = 121, 93%) и образовывали пять основных кладов. Изоляты различались в среднем по 15 основным SNP (диапазон 0-45), но содержание их вспомогательных геномов было разнообразным.
Хотя это не характерно для других геномов ST182, все изоляты ST182, полученные из самолетных отходов, несли:
(i) ген β-лактамазы расширенного спектра действия blaCTX-M-15, в котором отсутствует типичный соседний ген ISEcp1;
(ii) qnrS1 и мутацию S83L в gyrA, оба из которых обеспечивают устойчивость к фторхинолонам;
и (iii) структура интегрона класса 1 (IS26-intI1Δ648-dfrA17-aadA5-qacEΔ1-sul1-ORF-srpC-padR-IS6100-mphR-mrx-mphA-IS26), идентифицированная ранее в основных внекишечных патогенных E. coli STs, но не в ETEC.
Изоляты ST182 несли специфические для ETEC факторы вирулентности STp + CS6. Адгезин/инвазин tia был идентифицирован у 89% изолятов ST182 (против 23%) и располагался на предполагаемом геномном острове в области горячей точки для различных инсерций, включая PAI I536 и плазмидно-ассоциированные транспозоны. Наиболее распространенными плазмидными репликонами в этой коллекции были IncFII (100%; F2:A-:B-) и IncB/O/K/Z (89%).
Наши данные свидетельствуют о том, что потенциально в результате путешествий E. coli ST182 развивают профиль множественной лекарственной резистентности путем приобретения интегринов класса 1 и различных плазмид.
