microbius
РОССИЙСКИЙ МИКРОБИОЛОГИЧЕСКИЙ ПОРТАЛ
Поиск
rss

ООО "АЛИФАКС"

ИНН 7718314415

ID 2Vtzqx7tLnC

Реклама

ООО "АЛИФАКС"

ИНН 7718314415

ID 2VtzqwzYS9e

Реклама

ООО "АЛИФАКС"

ИНН 7718314415

ID 2VtzqvtsLHv

Реклама

Откуда взялся "странный" Омикрон?
Откуда взялся "странный" Омикрон?

Автор/авторы:
share
62
backnext
Фото: pixabay.com

Мутации могли накопиться в организме хронически инфицированного пациента, в упущенной из виду человеческой популяции или в животном резервуаре.

   С тех пор как на прошлой неделе южноафриканские ученые объявили о выявлении нового вызывающего опасения варианта SARS-CoV-2, весь мир с тревогой ожидает сообщений о том, как он может изменить траекторию развития пандемии. Но столь же большой загадкой, хотя и менее неотложной, является вопрос о том, где и как развивался Омикрон, и какие уроки его появления помогут избежать появления опасных вариантов в будущем.

   Омикрон явно не развился из одного из предыдущих вариантов, вызывающих беспокойство, таких как Альфа или Дельта. Вместо этого он, похоже, развивался параллельно - и в кромешной темноте. По словам Эммы Ходкрофт, вирусолога из Университета Берна, Омикрон настолько отличается от миллионов геномов SARS-CoV-2, которые были представлены в открытом доступе, что определить его ближайшего родственника довольно сложно. По ее словам, скорее всего, он рано отделился от других штаммов. "Я бы сказала, что он относится к середине 2020 года".

   Это поднимает вопрос о том, где предшественники Омикрона скрывались в течение более чем года. Ученые видят, по сути, три возможных объяснения: вирус мог циркулировать и развиваться в популяции, за которой мало следили и не проводили секвенирование. Он мог зародиться в хронически инфицированном пациенте COVID-19. Или же он мог развиться в нечеловеческом виде, откуда недавно распространился на людей.

   Кристиан Дростен, вирусолог из Университетской клиники Шарите в Берлине, отдает предпочтение первому варианту. "Я предполагаю, что он развился не в Южной Африке, где сейчас проводится много секвенирования, а где-то еще на юге Африки во время зимней волны", - говорит он. "В течение долгого времени там было много инфекций, и для эволюции такого вируса необходимо огромное эволюционное давление". Но Эндрю Рамбо из Эдинбургского университета не понимает, как вирус мог оставаться скрытым в группе людей так долго. "Я не уверен, что в мире есть достаточно изолированные места, где бы этот вирус мог передаваться в течение такого длительного времени, не появляясь в других местах", - говорит он.

   Вместо этого Рамбо и другие считают, что вирус, скорее всего, развился у пациента с хронической инфекцией COVID-19, вероятно, у того, чей иммунный ответ был ослаблен другим заболеванием или лекарством. Когда Альфа был впервые обнаружен в конце 2020 года, этот вариант также приобрел множество мутаций одновременно, что навело исследователей на мысль о хронической инфекции. Эта идея подкрепляется секвенированием образцов SARS-CoV-2 от некоторых хронически инфицированных пациентов.

   "Я думаю, что доказательства в пользу этого становятся все более убедительными", - говорит Ричард Лесселлс, исследователь инфекционных заболеваний из Университета Ква-Зулу-Натал. В одном случае, который Лесселлс и его коллеги описали в препринте, молодая женщина из Южной Африки с неконтролируемой ВИЧ-инфекцией носила SARS-CoV-2 более 6 месяцев. Вирус накапливал многие из тех же изменений, которые наблюдаются в вызывающих беспокойство вариантах, что также наблюдалось у другого пациента, чья инфекция SARS-Cov-2 сохранялась еще дольше. Чтобы предотвратить появление одного из возможных источников будущих вариантов, Лесселлс говорит: "Нам необходимо устранить пробелы в системе лечения ВИЧ. То есть мы должны диагностировать всех, лечить всех, а тех, кто в настоящее время получает неэффективное лечение, переводить на эффективные схемы лечения".

   Но Дростен утверждает, что опыт хронических инфекций гриппа и других вирусов у пациентов с иммуносупрессией говорит против этой гипотезы в отношении Омикрона. Варианты, ускользающие от иммунной системы, действительно развиваются у таких людей, но они сопровождаются целым рядом других изменений, которые делают их менее способными передаваться от человека к человеку. "В реальном мире эти вирусы имеют очень низкую приспособленность". 

Это происходит потому, что мутации, позволяющие вирусу выживать в одном человеке в течение долгого времени, могут сильно отличаться от тех, которые необходимы для наилучшего распространения от одного человека к другому.

   Джессика Меткалф, эволюционный биолог из Института перспективных исследований в Берлине, не уверена, что это верно в отношении SARS-CoV-2. "Я думаю, что одна из причин, по которой этот вирус так хорошо себя проявил, заключается в том, что лучшее связывание с ACE2 [его рецептором на человеческих клетках] помогает как внутрихозяинному, так и межхозяинному распространению". Тем не менее, на данный момент она согласна с Дростеном в том, что Омикрон, скорее всего, циркулировал и развивался в незаметной популяции.

   Некоторые считают, что вирус мог скрываться в грызунах или других животных, а не в людях, и поэтому испытывал другое эволюционное давление, которое отбирало новые мутации. "Геном просто очень странный", - говорит Кристиан Андерсен, указывая на множество мутаций, многие из которых не встречались ранее в других вариантах.

   "Интересно, насколько сильно они отличаются друг от друга", - говорит эволюционный биолог Майк Воробей из Университета Аризоны. Хотя он отдает предпочтение в пользу версии человека с ослабленным иммунитетом в качестве источника Омикрона, Воробей отмечает, что 80% белохвостых оленей, отобранных в Айове в период с конца ноября 2020 года по начало января 2021 года, были носителями SARS-CoV-2, согласно недавнему исследованию. "Это заставляет меня задуматься, могут ли другие виды животных стать хронически инфицированными, что потенциально могло бы обеспечить подобное селективное давление с течением времени".

   Еще слишком рано исключать любую теорию происхождения Омикрона, говорит Арис Кацуракис, эволюционный биолог из Оксфордского университета, но он скептически относится к животному сценарию, учитывая огромное количество человеческих инфекций. "Я бы начал больше беспокоиться о животных резервуарах, если бы нам удалось подавить вирус, и тогда я мог бы рассматривать их как места, где он может спрятаться".

   Многие лидеры мирового здравоохранения использовали появление Омикрона, чтобы привлечь внимание мировой общественности к огромному разрыву между вакцинацией против COVID-19 в более богатых и более бедных странах. Ричард Хэтчетт, глава Коалиции за инновации в области обеспечения готовности к эпидемиям, начал свое выступление на Всемирной ассамблее здравоохранения в понедельник, заявив, что низкий охват вакцинацией в Южной Африке и Ботсване "обеспечил благодатную среду" для развития этого варианта. "Глобальное неравенство, которым характеризовались глобальные ответные меры, теперь настигло нас в полной мере, - сказал он.

   Однако, по мнению некоторых ученых, доказательств в пользу этого утверждения мало. "Идея о том, что если бы мы больше вакцинировали в Африке, то у нас не было бы этого: я бы хотел, чтобы это было правдой, но у нас нет возможности узнать это", - говорит Катцуракис. Пока что уроки, которые можно извлечь из Омикрона, остаются такими же неопределенными, как и его происхождение.

Источник:

Science, 1 Dec 2021

Вам также может быть интересно
Комментариев: 0
Узнайте о новостях и событиях микробиологии
Первыми получайте новости и информацию о событиях
up