Геномный надзор имеет решающее значение для отслеживания следующего "вызывающего беспокойство" варианта, но многие страны сворачивают свой мониторинг.
Опасения, что массовый всплеск коронавирусных инфекций в Китае может немедленно привести к появлению новой тревожной разновидности, необоснованны, говорят исследователи. Однако ситуация может измениться в ближайшие месяцы, когда все больше людей в стране приобретут естественный иммунитет против инфекции. Более широкое распространение иммунитета может подтолкнуть вирус SARS-CoV-2 к развитию новых способов уклонения от этой иммунной защиты. Отслеживание вариантов остается крайне важным, однако ученые сомневаются, как быстро будет обнаружен следующий вызывающий опасения вариант, поскольку многие страны сворачивают работу по наблюдению.
Когда в декабре Китай резко отказался от политики нулевой терпимости к COVID-19, у большинства его населения был слабый иммунитет против доминирующего варианта Омикрон, циркулирующего во всем мире. В таких условиях появление нового опасного варианта маловероятно, говорит эпидемиолог Джоди МакВернон из Института Доэрти в Мельбурне, Австралия. По ее словам, в такой популяции должно быть меньше давления отбора для появления вариантов, ослабляющих иммунитет.
Тем не менее, Китай наращивает усилия по мониторингу вариантов, циркулирующих в его популяции, и объявил о планах по привлечению трех клиник в каждой из 31 провинции страны для генетического анализа образцов вируса, собранных у 15 амбулаторных пациентов, 10 человек с тяжелой формой COVID-19 и всех людей, умерших от COVID-19, каждую неделю. Однако эксперты расходятся во мнении, достаточно ли этих планов для быстрого обнаружения опасного варианта, который может вызвать новые волны инфекции и смерти, отчасти потому, что многие другие страны сократили масштабы геномного мониторинга.
Тем не менее, Европейский центр профилактики и контроля заболеваний призвал европейские страны организовать выборочное тестирование путешественников из Китая и проводить секвенирование вируса из всех положительных образцов, чтобы можно было выявить появляющиеся варианты. Другие страны, включая США, Японию и Австралию, также ввели меры наблюдения за путешественниками из Китая.
Страны отслеживают варианты путем постоянного секвенирования части известных инфекций и обмена этими последовательностями в публичных хранилищах, таких как GISAID. В течение первых двух лет пандемии большинство учреждений общественного здравоохранения проводили целенаправленное секвенирование, отслеживая людей, госпитализированных с COVID-19, с целью выявления новых вариантов, которые могут вызвать более тяжелое заболевание. Вирусы, выделенные у людей с ослабленным иммунитетом, которые могут переносить инфекцию в течение нескольких недель или месяцев, также подвергались секвенированию, поскольку длительные инфекции могут привести к появлению сильно мутировавших вирусов.
По словам Виталия Синтченко, микробиолога из Сиднейского университета (Австралия), большинство стран также секвенировали репрезентативную выборку вирусов из всего сообщества. В исследовании, соавтором которого он является, ученые пришли к выводу, что странам следует стремиться к секвенированию 0,5% случаев COVID-19 и обмениваться этими данными в течение 21 дня после сбора образцов. Это даст им 34%-ную вероятность обнаружения новой линии до того, как она заразит 100 человек.
Исследование, в котором также рассматривались усилия по секвенированию в 189 странах до конца февраля 2022 года, показало, что в течение первых двух лет пандемии 78% стран с высоким уровнем дохода секвенировали более 0,5% случаев COVID-19, а некоторые из них, включая Данию, Японию и Великобританию, последовательно секвенировали более 5% случаев каждую неделю. Чем раньше будут собраны и распространены такие данные, тем быстрее ученые смогут провести лабораторные тесты, чтобы проверить, как новый вариант уклоняется от иммунитета, устойчив к противовирусным препаратам и способен заражать клетки, говорит Синтченко.
Но за последний год ситуация с тестированием резко изменилась, утверждает эволюционный вирусолог Верити Хилл из Йельской школы общественного здравоохранения. Широкомасштабный скрининг населения был возможен в таких странах, как Великобритания, поскольку исследователи могли использовать образцы, собранные в общественных центрах ПЦР-тестирования. Но во многих странах власти больше не предлагают такие услуги из-за дороговизны и снижения спроса, говорит Хилл. И люди все чаще предпочитают проводить самотестирование, используя экспресс-тесты на антигены, или вообще не тестироваться. Это означает, что выявлять новые варианты становится все труднее.
Эксперты ищут мутации в белке шипа SARS-CoV-2, который позволяет вирусу проникать в клетки хозяина и является главной мишенью иммунной реакции организма. Скачок числа мутаций в новом варианте - это то, чего следует остерегаться. "Это тревожный сигнал", - говорит Хилл. Вариант Омикрон, который впервые появился в последовательности из Ботсваны, имел более 30 мутаций в белке спайка. ВОЗ объявляет новый "вариант вызывающий беспокойство", только в том случае, если он лучше обходит существующие средства защиты иммунной системы, вызывает более тяжелые заболевания или гораздо более трансмиссивен, чем циркулирующие в настоящее время варианты.
Омикрон не только содержал множество мутаций, но и быстро стал доминирующим вариантом в популяции, что говорит о том, что он распространялся быстрее, чем другие варианты в сообществе, и конкурировал с ними. ВОЗ назвала Омикрон вариантом, вызывающим беспокойство, через несколько дней после того, как южноафриканские исследователи оповестили международное сообщество о быстром распространении этого варианта. Но это произошло почти через три недели после того, как первая последовательность Омикрона была внесена в GISAID.
Вариант Дельта был включен в список проблемных вариантов в мае 2021 года, через семь месяцев после того, как в Индии был получен первый известный образец. Первым признаком того, что поблизости может находиться новый опасный вариант, стал быстрый рост числа случаев заболевания, госпитализаций и смертей в Индии в начале 2021 года. "Нужно как можно тщательнее увязать количество случаев заболевания и генетику", - считает Хилл.
Пока что большинство последовательностей, которые Китай представил в GISAID с начала декабря, относятся к субвариантам Омикрона, уже циркулирующим в других странах. Есть пять новых линий - потомков этих субвариантов, но они вряд ли смогут закрепиться за пределами Китая из-за уже существующего иммунитета. Однако снижение уровня наблюдения за населением за пределами Китая повышает вероятность того, что вариант, появившийся в Китае, первоначально может остаться незамеченным.
Синтченко отметил, что есть также опасения, что Китай недостаточно делится своими последовательностями. На состоявшемся 3 января заседании Технической консультативной группы ВОЗ по эволюции вирусов ученые из Китайского центра по контролю и профилактике заболеваний представили данные, основанные на более чем 2000 геномов, собранных и секвенированных с 1 декабря 2022 года. Однако за тот же период в базу данных GISAID было загружено лишь около четверти от этого числа - 564 сиквенса. Исследователь COVID-19 в Китае, попросивший не называть его имени, чтобы избежать ненужного внимания за участие в политических вопросах, говорит, что, хотя существующий в Китае контроль недостаточен, Китай наращивает свой потенциал и увеличивает количество последовательностей, загружаемых в GISAID каждую неделю.
