"Мы добиваемся потрясающих результатов" в секвенировании образцов вирусов, но проблемы остаются.
Семь месяцев назад координатор ответных мер Белого дома по COVID-19 Джеффри Зиентс заявил, что масштабы усилий США по секвенированию пандемического коронавируса "совершенно неприемлемы". На тот момент стране удалось прочитать генетические чертежи всего 0,36% всех образцов коронавируса, собранных у американцев - слишком мало, чтобы обнаружить редкие, потенциально опасные мутации на ранней стадии и подготовиться к борьбе с ними. Но сегодня, когда число новых случаев заболевания коронавирусом в США превышает 160 000 в день, чего не наблюдалось с конца января, эксперты общественного здравоохранения гораздо лучше понимают, как меняется генетика их врага. К июлю, благодаря финансированию в размере 1,7 миллиарда долларов, предоставленному Американским планом спасения, расширенные мероприятия по секвенированию выявляли 8,6% новых случаев заболевания коронавирусом.
По словам Дункана МакКаннелла, руководителя программы Центров по контролю и профилактике заболеваний (CDC), координирующей геномный надзор в США, еженедельные поступления в ведущий международный репозиторий последовательностей GISAID "в настоящее время значительно превышают 40 000". Для сравнения, на депонирование первых 40 000 последовательностей в стране ушло 11 месяцев - до ноября 2020 года. По словам Тревора Бедфорда, компьютерного биолога из Центра исследования рака имени Фреда Хатчинсона, "мы добиваемся потрясающих результатов" в количестве секвенированных образцов. "У меня нет опасений, что новый вариант останется незамеченным".
В настоящее время секвенаторы по всей стране наблюдают наплыв дельты. По данным CDC, на долю этого высококонтагиозного варианта пришлось 99,1% случаев заболевания в США к концу августа, по сравнению с 7,5% в конце мая. "Мы увидели наступление Дельты", - говорит интегративный биолог Лорен Ансель Майерс из Техасского университета в Остине. "Но все может измениться".
Например, в июле наблюдатели за коронавирусом отметили, что на другой вариант, Mu, приходится 9% из 101 случая заболевания, выявленного с помощью секвенирования, во Флориде в Jackson Memorial Health System и UHealth Tower Университета Майами. Впервые Mu был обнаружен в Колумбии, где он составил 69% случаев в начале июля; на прошлой неделе Всемирная организация здравоохранения (ВОЗ) объявила его вариантом, представляющим интерес (VOI). Mu несет мутацию E484K, которая, вероятно, помогает SARS-CoV-2 ослаблять вакцинный и вызванный инфекцией иммунитет.
Но Дельта, похоже, с легкостью побеждает Мю. В больницах Майами "к началу августа мы имели примерно 97% Дельты" и остаемся на этом уровне, говорит патолог Дэвид Эндрюс из Университета Майами. В Колумбии, по состоянию на конец августа, доля Мю снизилась до 63%, в то время как Дельта выросла с 6% до 19%. В образцах Эндрюса Дельта "вытеснила практически все другие линии", - говорит он.
"Вирус может нас удивить, но я бы поставил на то, что в ближайшие несколько месяцев Дельта полностью зачистит территорию и [станет] общим предком всех вирусов",
- говорит Бедфорд. Скорее всего, "именно из нее появится следующий вариант".
