Новости

Язвенный колит (ЯК) - это хроническое неспецифическое воспалительное заболевание кишечника, в основном поражающее слизистую и подслизистую оболочку толстой кишки с непрерывным распространением.     Его клинические проявления в основном включают диарею, боль в животе, слизисто-гнойный и кровянистый стул. Пациенты с ЯК могут иметь различную степень выраженности системных симптомов и кишечных проявлений и имеют риск развития колоректального рака через последовательный механизм воспаление - пролиферация - рак, что требует пожизненного наблюдения.    Широко распространено мнение, что чрезмерная активация иммунной системы и дисбиоз кишечной микробиоты связаны с воспалением кишечника у генетически предрасположенных людей, хотя точный механизм патогенеза ЯК остается неясным. Микробиота кишечника обычно рассматривается как скрытый метаболический и иммунный орган, участвующий во многих физиологических процессах хозяина, включая пищеварение и метаболизм, регулирование эпителиального барьера, развитие и регуляцию иммунной системы хозяина, а также защиту от патогенов. Предыдущие исследования показало связь между нарушением микроэкологического баланса кишечника и неблагоприятной структурой бактериального сообщества у пациентов с ЯК, которая проявляется в основном в виде значительного снижения Bacteroidetes и Firmicutes и увеличения Proteobacteria и Actinomycetes (Browne and Kelly, 2017).     Хотя ни один конкретный патоген не был определен в качестве единственной причины ЯК, исследования показали важную роль измененного разнообразия микробиоты в кишечном воспалении. Например, у пациентов с ЯК наблюдалось снижение разнообразия микробиоты кишечника, включая уменьшение количества Faecalibacterium prausnitzii, Clostridium кластеров IV и XIVa, Bifidobacterium, Bacteroides, Roseburia и Eubacterium rectale. Поэтому потенциально возможно лечить ЯК путем улучшения структуры сообществ микробиоты кишечника у пациентов с ЯК. И наоборот, у людей, страдающих воспалительными заболеваниями кишечника (ВЗК), часто наблюдаются такие оральные симптомы, как язвы во рту, сухость во рту и афтозный стоматит, что указывает на потенциальную корреляцию между микробиотой полости рта и проявлениями ВЗК. Несмотря на некоторые исследования в этой области, информация о микробиоте полости рта у пациентов с ВЗК все еще ограничена.    Трансплантация фекальной микробиоты (FMT) - это процедура, при которой фекальная микробиота от здорового донора помещается в кишечник пациента для устранения дисбаланса микробиома, которая показала высокую эффективность в лечении инфекции Clostridium difficile (CDI) и была одобрена FDA для клинического применения при CDI. Однако эффективность и безопасность применения FMT для лечения ЯК остаются невыясненными. На сегодняшний день об эффективности FMT в лечении активного ЯК сообщили четыре высококачественных рандомизированных контролируемых исследования, среди которых в трех было подтверждено значительное улучшение после FMT, с достижением клинической ремиссии у 24%-44% пациентов по сравнению с контрольной группой.     Мета-анализ, включающий 168 клинических исследований FMT, показал, что частота окончательной ремиссии при FMT при ЯК может достигать 39,6%, а общая частота нежелательных явлений составляет менее 1% (Lai et al., 2019). Однако существует одно исследование, в котором не удалось проиллюстрировать благоприятное воздействие FMT на ЯК (Rossen et al., 2015). Таким образом, эффективность FMT при ЯК остается спорной, и различия в определении клинических исходов, выборе донора, подготовке фекальной микробиоты и проведении инфузии в этих исследованиях могут быть причиной противоречивых выводов. Кроме того, необходимо отслеживать долгосрочное влияние FMT на микробиоту кишечника.    Цель данного исследования - изучить долгосрочную эффективность и безопасность FMT в лечении активного ЯК с использованием микробиоты кала молодых доноров. В сочетании с определением маркеров иммунитета хозяина и долгосрочным исследованием микробиоты, данное исследование также способствует более глубокому пониманию конкретного механизма FMT при ЯК.    Методы: Тридцать пациентов с активным ЯК были включены и им была назначена FMT. Активность заболевания и биомаркеры воспаления оценивались через 6 недель/более 1 года после лечения. Также регистрировалось возникновение нежелательных явлений. Образцы крови и слизистой были взяты для определения изменений биомаркеров воспаления и цитокинов. Состав микробиоты кишечника и полости рта также был отобран и секвенирован для подтверждения изменения микробного состава.    Результаты: Двадцать семь пациентов завершили лечение, из них 16 (59,3%) достигли эффективного клинического ответа и 11 (40,7%) - клинической ремиссии. Полный балл Майо и кальпротектин значительно снизились и оставались стабильными в течение 1 года. FMT также значительно снизила уровни С-реактивного белка (CRP), интерлейкина-1 бета (IL-1β) и интерлейкина-6 (IL-6). Микробиота кишечника значительно изменилась с увеличением бактериального разнообразия и уменьшением метаболического разнообразия у пациентов, прошедших курс лечения. После FMT количество провоспалительных энтеробактерий уменьшилось, а количество Collinsella увеличилось. Соответственно, измененные метаболические функции, включая синтез антигенов, метаболизм аминокислот, производство короткоцепочечных жирных кислот и синтез витамина К в микробиоте, также были скорректированы с помощью FMT.    Выводы: Трансплантация фекальной микробиоты представляется безопасной и эффективной для пациентов с активным ЯК, которые не реагируют на месалазин или преднизон в долгосрочной перспективе. FMT может эффективно снижать уровень провоспалительных цитокинов для смягчения воспаления.

Различие между вариантами M. tuberculosis, образующими комплекс Mycobacterium tuberculosis (MBTC), имеет значение для непосредственного медицинского обслуживания пациентов.      Хотя обнаружение MBTC с помощью ПЦР в реальном времени непосредственно в клинических образцах в настоящее время широко используется для рутинного скрининга туберкулеза, этот метод не позволяет идентифицировать виды внутри комплекса. В рутинной клинической микробиологии такая идентификация достигается путем исследования последовательности ДНК с использованием коммерчески доступных линейных зондовых анализов и, в лучшем случае, путем секвенирования всего генома (WGS) колонии. Однако эти методы требуют специального оборудования, которое может быть недоступно в местах оказания медицинской помощи, а получение результатов занимает несколько дней.    Матрично-ассистированная лазерная десорбционная ионизация-время-пролетная масс-спектрометрия (MALDI-TOF-MS) - широко применяемый метод для рутинной идентификации бактерий в лабораториях клинической микробиологии. Это быстрый и недорогой метод идентификации видов бактерий, который также регулярно используется для идентификации микобактерий. Однако MALDI-TOF-MS страдает тем же ограничением, что и ПЦР в реальном времени, то есть невозможностью дифференцировать виды MBTC на основе совпадения сходного пептидного профиля. Таким образом, специфическая идентификация видов туберкулеза с помощью этого метода в настоящее время невозможна.    В нашем исследовании мы изучили пептидный профиль изолятов MBTC для выявления соответствующих биомаркеров, специфичных для одного или нескольких видов, что может обеспечить быстрый и экономически эффективный метод скрининга. Этот метод особенно полезен для дифференциации групп изолятов с похожими спектрами и неотличим от неселективного метода сопоставления образцов, такого как биотипирование. Он основан на идентификации соответствующих специфических пиков в наборе спектральных данных MALDI-TOF от изолятов, уже идентифицированных другим методом на уровне вида, подвида или варианта, чтобы сосредоточиться на сопоставлении спектров на этих пиках.    В предыдущих исследованиях этот подход использовался для отличия метициллин-резистентных клонов Staphylococcus aureus от нерезистентных (Camoez et al., 2016; Wang et al., 2018) или различных серотипов Streptococcus pneumoniae (Nakano et al., 2015) непосредственно в спектрах MALDI-TOF. Применение этого метода для различения подвидов микобактерий показало его эффективность на комплексе Mycobacterium abscessus (Fangous et al., 2014) и на MBTC в конкретной ситуации M. bovis из ветеринарных образцов (Bacanelli et al., 2019). Таким образом, настоящее исследование является первым, в котором изучается дифференциация клинически значимых видов MBTC с использованием MALDI-TOF MS и соответствующего программного обеспечения.    По результатам данного исследовании мы сообщаем о беспрецедентно точной дискриминации сложных видов M. tuberculosis с помощью MALDI-TOF-MS, с WGS в качестве сравнительного референсного стандарта. На первом этапе оптимизированная экстракция пептидов, примененная к 36 изолятам, идентифицированным в пяти из 11 вариантов M. tuberculosis complex с помощью WGS, дала 139 MALDI-TOF-спектров, которые были использованы для определения биомаркеров, представляющих интерес и способствующих дифференциации между вариантами. На втором этапе 70/80 (88%) других изолятов были правильно классифицированы с помощью алгоритма, основанного на специфических пиках. Данное исследование является первым, в котором сообщается о методе MALDI-TOF-MS для дискриминации микобактерий комплекса M. tuberculosis, который легко реализуется в лабораториях клинической микробиологии.    Мы считаем, что этот метод скрининга является эффективным, быстрым и недорогим, который уточняет идентификацию в рамках MCTB, представляя положительную предсказательную ценность 100%, указывая на то, что наблюдение идентифицированных пиков в спектрах приводит к подтверждению идентификации изолятов как M. tuberculosis.