Новости

Нозокомиальный патоген Acinetobacter baumannii является частой причиной внутрибольничных инфекций, особенно у тяжелобольных пациентов, и вызывает серьезную озабоченность в связи с его потенциалом приобретенной множественной лекарственной устойчивости.   Полногеномное секвенирование (WGS) все чаще используется для получения точной картины взаимоотношений между изолятами, что помогает в борьбе с внутрибольничными инфекциями. В данном исследовании мы провели ретроспективное исследование для выявления эпидемических ситуаций и оценки процента передачи инфекции в отделениях интенсивной терапии. A. baumannii с множественной лекарственной устойчивостью (MDR-AB) постоянно выделялись из нижних дыхательных путей различных пациентов. Мы провели WGS, импульсный гель-электрофорез (PFGE) и анализ мультилокусного последовательного типирования (MLST) для выяснения родства бактерий и сравнения эффективности традиционных методов с WGS для типирования MDR-AB.    С июня 2017 года по август 2018 года штаммы комплекса A. baumannii были обнаружены у 124 из 796 пациентов во время пребывания в отделении интенсивной терапии, 103 из которых были MDR-AB. Затем мы подвергли 70 имеющихся штаммов MDR-AB типированию с помощью WGS, PFGE и MLST. Среди 70 изолятов A. baumannii 38 (54,29%) были выделены при поступлении, а 32 (45,71%) - при внутрибольничном инфицировании. MLST выявил 12 уникальных типов сиквенсов, PFGE выявил 16 различных пульсотипов. В итоге, 38 генотипов и 23 трансмиссии были идентифицированы с помощью WGS. Внутрибольничная передача была основным способом инфицирования MDR-AB в нашем отделении интенсивной терапии.     Более высокая частота передачи инфекции в нашем отделении интенсивной терапии могла быть обусловлена несколькими факторами. Во-первых, основным диагнозом при поступлении в отделение интенсивной терапии была пневмония (44/70, 62,86%). У 27 из этих пациентов были выделены MDR-AB. Во-вторых, собранные образцы также отличались от образцов предыдущих исследований, поскольку диагностика инфекций нижних дыхательных путей была основной целью нашего исследования. В-третьих, хотя количество коек в нашем отделении интенсивной терапии и продолжительность исследования были одинаковыми, продолжительность пребывания в нашем отделении интенсивной терапии была значительно больше, чем в других исследованиях.    Acinetobacter baumannii может выживать в окружающей среде в течение длительного времени и является потенциально трансмиссивным (Marchaim et al., 2007). Контаминированная окружающая среда и оборудование могут служить резервуаром для MDR-AB (Chapartegui-Gonzalez et al., 2018). В нашем исследовании штаммы, принадлежащие к одному генотипу, выделенные от разных пациентов (например, генотип 1 и 5), сохранялись в течение длительного периода времени, причем пациенты не находились в отделении интенсивной терапии в одно и то же время. Это указывает на то, что некоторые случаи передачи инфекции могли произойти косвенно через контаминированную окружающую среду или медицинских работников. Эти данные согласуются с результатами предыдущего исследования, проведенного в нашем отделении интенсивной терапии (Ye et al., 2015).    Классификация патогенов для выяснения эпидемиологии патогенных бактерий и больничных вспышек зависит от методов типирования с более высокой дискриминационной способностью. Используя обычные эпидемиологические данные, наше исследование выявило 32 потенциальных внутрибольничных инфицирования, которые включали 29 клонов из более чем двух изолятов, идентифицированных с помощью PFGE. При включении данных WGS мы сократили число случаев передачи до 23. Наши данные показали, что преимущество WGS заключается в том, что он позволяет устранить различия между близкородственными изолятами (Zarrilli et al., 2013). Поэтому WGS больше подходит для типирования и выявления передачи инфекции между пациентами.    Наши результаты показали, что WGS является дискриминационным методом для эпидемиологических исследований инфекций в здравоохранении. В ближайшем будущем этот метод должен принести большую пользу в выявлении эпидемических ситуаций и контроле случаев передачи.

Наша кожа является домом для миллионов бактерий, грибков и вирусов, которые вместе образуют дермальную микробиоту.    Эти крошечные гости, колонизирующие самый большой орган человеческого тела, играют важную роль в сдерживании патогенных микроорганизмов и переработке естественных отходов. Мы также знаем, что эта деликатная экосистема микроорганизмов нарушается при кожных патологиях, таких как дерматит и акне. По этой причине в последние годы активизировались усилия по картированию и изучению микробиома кожи человека.    Однако на пути к ответам стоит ряд технических проблем. Например, выращивание кожных бактерий в лабораторных условиях - дело непростое. Обычно эти бактерии выращивают на агаровых средах, чтобы создать колонии, которые затем можно изучать. Проблема в том, что не все виды бактерий, живущих на коже, растут одинаково в таких искусственных условиях, а более медленно растущие виды часто остаются без внимания.   Недавно исследователи обратились к передовым технологиям секвенирования для проведения исследований микробиома кожи. В этом случае загрязняющий генетический материал из клеток кожи и мертвых бактерий может исказить полученную информацию и затруднить получение четких результатов. Новое исследование выявило способ "очистки" образцов для удаления загрязняющей нецелевой ДНК, оставляя только генетический материал живых бактерий, составляющих микробиом.   Ученые из Мюнхенского технического университета разработали метод использования фермента бензоназы для очистки образцов. Бензоназа измельчает генетический материал на крошечные фрагменты. Однако геномы живых бактерий не подвергаются нарезке ферментом на кусочки благодаря их защитным внешним клеточным стенкам. Затем фрагменты могут быть механически разделены перед проведением 16S секвенирования - метода картирования генетического состава интактных бактерий.   Ведущий автор Мартин Кёберле отмечает: "Выделение живых кожных бактерий с помощью ферментов может помочь нам найти микробные биомаркеры некоторых дерматологических заболеваний, а также выявить бактерии, оказывающие положительное влияние на течение болезни. Возможно, когда-нибудь они будут использоваться в лечении".