Геномный надзор в реальном времени для усиления контроля над инфекционными заболеваниями и резистентностью к противомикробным препаратам
#эпидемиологический надзор #полногеномное секвенирование #подход единое здоровье #пандемия #геномный надзор
Успехи и проблемы, с которыми столкнулись системы эпиднадзора в здравоохранении, развернутые во время пандемии COVID-19, могут послужить уроком для эпиднадзора за другими инфекционными заболеваниями и резистентностью к противомикробным препаратам (AMR).
Пандемия подчеркнула настоятельную необходимость модернизации и укрепления служб здравоохранения и эпиднадзора за состоянием здоровья населения, а также продемонстрировала, что системы реагирования на эпидемии являются ключевым аспектом жизнеспособности систем здравоохранения. Это подразумевает использование научных инноваций и технологий в борьбе не только с COVID-19, но и с эволюционирующими угрозами здоровью, связанными с появлением новых патогенов и ростом AMR. Недавние глобальные оценки подтвердили, что AMR является одной из основных причин летальных исходов во всем мире, что делает ее одним из приоритетов глобального общественного здравоохранения.
В борьбе с пандемией одним из важнейших орудий стало геномное наблюдение, основанное на полногеномном секвенировании (WGS). Широкое использование WGS для обнаружения и характеристики новых вариантов SARS-CoV-2 сыграло важную роль в оценке риска и управлении общественным здравоохранением в связи с пандемией COVID-19 на местном, национальном и международном уровнях. Кроме того, оно позволило выявлять и отслеживать потенциальные новые варианты SARS-CoV-2, чтобы направлять разработку и эффективное использование вакцин против COVID-19. Таким образом, наличие потенциала WGS для наблюдения за патогенами является неотъемлемой частью рекомендаций по обеспечению готовности к пандемии в будущем.
В связи с этим ускоряется процесс перехода от традиционного эпидемиологического надзора, основанного на оповещении о случаях заболевания, к системам геномного надзора в режиме реального времени, которые охватывают все сектора в целях профилактики и борьбы с инфекционными заболеваниями. Эти новые системы объединяют эпидемиологический контекст с данными о генетических последовательности патогенов в рамках концепции "Единое здоровье" для более точной оценки рисков. В свою очередь, это позволяет разрабатывать и оценивать адаптивные ответные меры по мере появления, распространения и эволюции патогенов в части их ареала обитания, патогенности, лекарственной устойчивости или способности противостоять вакцинам.
В статье, опубликованной в журнале Frontiers in Science, международный коллектив микробиологов из Европейского общества клинической микробиологии и инфекционных болезней (ESCMID) призывает инвестировать в технологии, потенциал, опыт и сотрудничество, чтобы поставить геномный надзор за патогенами на передний край будущей готовности к пандемиям. "Инфекционные заболевания, чреватые эпидемиями, пересекают границы так же быстро, как люди и товары перемещаются по миру", - говорит ведущий автор исследования профессор Марк Струеленс из Университета Свободы в Брюсселе (Бельгия). "Сегодня локальная вспышка может превратиться в следующий мировой пандемический кризис завтра".
Основываясь на оценке роли, которую сыграло WGS в выявлении новых вариантов SARS-CoV-2 и мониторинге распространения вируса, в данной статье авторы выступают за более широкое использование геномного надзора для оценки рисков и снижения угроз здоровью, связанных с другими инфекционными заболеваниями и AMR. С этой целью они дают рекомендации по изменению лабораторных технологий и практики, наращиванию потенциала, межсекторальному сотрудничеству, развитию системы общественного здравоохранения и управлению обменом данными, а также возможности проведения исследований для укрепления местных, национальных и общемировых возможностей комплексного эпиднадзора за инфекционными угрозами на основе WGS с целью информирования о быстрой реакции на эпидемии и предотвращения будущих пандемий.
Геномное наблюдение, объединяющее усилия органов здравоохранения, ветеринаров и врачей, необходимо использовать для мониторинга заболеваний людей и животных и резистентности к противомикробным препаратам. Интегрируя эпидемиологические и клинические данные из всех этих областей, мы сможем получить полную картину о патогенных микроорганизмах и рисках, которые они представляют.
"Геномный надзор за патогенами - это инструмент, который изучает взаимодействие между селективным давлением противомикробных препаратов на популяции микробов и адаптивной эволюцией этих микробов в сторону лекарственной резистентности", - поясняет Струеленс. "Он позволяет нам обнаружить возникновение и распутать динамику передачи сверхприспособленных эпидемических клонов с множественной лекарственной резистентностью - "супербактерий". Геномный надзор может помочь отследить зоонозные и межчеловеческие передачи вирусных вариантов, штаммов бактерий и признаков лекарственной резистентности".
Эта информация может помочь в проведении вакцинных кампаний, разработке целевых методов терапии и принятии мер в области общественного здравоохранения - все это может помочь предотвратить возникновение эпидемий. Мониторинг геномов также позволит нам более глубоко изучить новые заболевания и эволюцию известных заболеваний, оценить степень их опасности и определить меры противодействия.
По словам ученых, чтобы сделать геномный надзор эффективным, необходимы глобальные, доступные данные в режиме реального времени. Для этого требуются масштабные инвестиции в потенциал и экспертизу, учитывающие различные уровни инфраструктуры и подготовки специалистов в разных странах мира. Во время пандемии COVID-19 страны, которые уже имели доступ к опыту и оборудованию для геномного надзора, имели значительное преимущество в мониторинге пандемии и применении ответных мер. Авторы предлагают схему справедливого внедрения глобальных взаимосвязанных систем эпиднадзора, включающих страны с низким и средним уровнем дохода.
"Статья Струеленса - обязательное чтение для всех, кто интересуется геномным эпиднадзором как частью подготовки к эпидемиям", - пишет в сопроводительной редакционной статье профессор Марион Коопманс из Медицинского центра Эразма в Роттердаме (Нидерланды). "Инструменты и амбиции уже есть - следующим шагом должно стать создание справедливых, совместных инфраструктур эпиднадзора для будущего глобального здравоохранения. Предлагаемый ВОЗ "Договор о пандемии" будет иметь ключевое значение, определяя некоторые правила международного взаимодействия для повышения готовности".
"Для обеспечения всеобщего участия в совместных системах геномного эпиднадзора по всему миру нашими важнейшими задачами являются достаточный потенциал лабораторий и секвенирования, подготовка квалифицированных кадров, а также доступ к проверенным инструментам анализа и обмена геномными данными в рамках комплексной и безопасной цифровой информационной инфраструктуры здравоохранения", - отмечает Струеленс. "Интеграция геномной информации об эпидемических патогенах с эпидемиологической информацией должна происходить в масштабах от местного до глобального уровня".
