microbius
РОССИЙСКИЙ МИКРОБИОЛОГИЧЕСКИЙ ПОРТАЛ
Поиск
rss

ООО "АЛИФАКС"

ИНН 7718314415

ID 2Vtzqx7tLnC

Реклама

ООО "АЛИФАКС"

ИНН 7718314415

ID 2VtzqwzYS9e

Реклама

ООО "АЛИФАКС"

ИНН 7718314415

ID 2VtzqvtsLHv

Реклама

Новости

Новости
Аннотация
Бактериальные сигнатуры слюны при коморбидности депрессии и ожирения связаны с нейротрансмиттерами и нейроактивными дипептидами (аннотация)
#микробные сигнатуры #нейротрансмиттеры #дисрегуляция воспаления #эндотоксемия #ожирение #микробиом полости рта #метаболомика #депрессия #гематоэнцефалический барьер
Депрессия и ожирение являются распространенными, изнурительными и часто сопутствующими хроническими заболеваниями, распространенность которых растет во всем мире.     Почти 39% взрослого населения в мире имеют избыточный вес и 13% страдают ожирением (ВОЗ, 2016), а 5% населения планеты страдают аффективными расстройствами (ВОЗ, 2017). Связь между ожирением и депрессией часто бывает двухсторонней, поскольку распространенность депрессии среди лиц с ожирением значительно выше, чем в общей популяции. И наоборот, лица с депрессией более склонны к развитию ожирения по сравнению с лицами без депрессии. Несмотря на появление антидепрессантов и их длительное применение в клинической практике, большинство пациентов с депрессией не поддаются лечению, а ожирение может еще больше снизить эффективность антидепрессантов. Кроме того, сопутствующие депрессия и ожирение тесно связаны с рядом заболеваний, таких как сахарный диабет 2 типа, сердечно-сосудистые заболевания, хроническая болезнь почек и рак, снижая продолжительность и качество жизни. Поэтому ожирение и депрессия, а также их совместное существование представляют собой серьезную проблему для здравоохранения во всем мире.    Воспалительная дисрегуляция является общим патогенетическим механизмом, лежащим в основе совместного возникновения депрессии и ожирения, поскольку оба эти заболевания связаны с хроническим воспалением низкой степени. У лиц с ожирением и депрессией отмечается повышенная концентрация периферических и центральных воспалительных цитокинов и острофазовых реактантов, таких как интерлейкин (IL)-6, фактор некроза опухоли альфа (TNF-α) и С-реактивный белок (CRP). При ожирении макрофаги накапливаются в жировой ткани, что приводит к локальному и системному воспалению, которое может способствовать развитию депрессивных симптомов через множество механизмов, таких как снижение доступности нейротрансмиттеров и потенцирование нейровоспалительных процессов, таких как активация микроглии и перемещение периферических моноцитов в центральную нервную систему (ЦНС).     Следует отметить, однако, что воспаление, как было показано, лежит в основе лишь части случаев депрессии, в связи с чем была разработана концепция теоретического иммуно-метаболического подтипа большого депрессивного расстройства. Тем не менее, воспалительная дисрегуляция остается центральным механизмом, лежащим в основе совместного возникновения депрессии и ожирения, и это, вероятно, имеет отношение к субклинической депрессивной симптоматике. С этой целью в нашей предыдущей работе было показано, что даже у лиц без клинического диагноза депрессии более высокие показатели депрессивных симптомов, ожирение и снижение уровня глюкокортикоидных и адренергических рецепторов, опосредованное клеточным воспалительным контролем, взаимосвязаны.    Хотя было доказано, что психологический стресс, генетика хозяина и факторы окружающей среды способствуют ожирению и депрессии, микробиом человека и его метаболом (т.е. совокупность структурно разнообразных метаболитов) вовлечены в процессы энергетического гомеостаза, настроения и поведения, а также иммунной регуляции, и поэтому могут предложить новый механизм, лежащий в основе совместного возникновения депрессии и ожирения. Исследования ожирения на животных показали, что истощение представителей родов Bifidobacterium, Lactobacillus и Akkermansia связано с увеличением веса, усилением воспаления, депрессивным поведением и изменениями в нейронных схемах.     Исследования на животных также показали, что повышенная проницаемость кишечного барьера и гематоэнцефалического барьера (ГЭБ) связана с повышением уровня липополисахарида (ЛПС) в плазме крови и нейровоспалением. В целом, эти исследования позволяют предположить, что повышенная проницаемость кишечного барьера и последующая транслокация эндотоксинов кишечных бактерий, в частности ЛПС из клеточных стенок грамотрицательных бактерий, в системную циркуляцию может вызвать метаболическую эндотоксемию, приводящую к активации иммунных клеток и выработке провоспалительных цитокинов, таких как IL-1β, IL-6 и TNF-α. Известно, что повышенное содержание насыщенных жирных кислот в рационе также стимулирует адипоциты и макрофаги к выработке провоспалительных цитокинов, а жировая ткань накапливает макрофаги, обитающие в жировой ткани, что может способствовать дальнейшему развитию воспаления. Эти процессы могут способствовать повышению проницаемости ГЭБ, что приводит к накоплению провоспалительных цитокинов и иммунных клеток в головном мозге, которые могут усиливать нейровоспалительные процессы, и, следовательно, служить потенциальным механизмом, лежащим в основе возникновения депрессивных симптомов в контексте ожирения.    Следует отметить, что исследования микробиома человека при депрессии и ожирении, да и вообще при здоровье и болезни, в основном сосредоточены на экосистеме дистального отдела кишечника, в то время как лишь немногие исследования изучали микробную экологию полости рта, не связанную с такими заболеваниями, как кариес и пародонтит. Ротовая полость, входной портал в пищеварительный и дыхательный тракты, содержит самое разнообразное микробное сообщество после кишечника, где обитает более 700 уникальных видов бактерий, при этом в каждой полости рта обитает не менее 150 специализированных видов бактерий. Было доказано, что более 60% микробных видов, обнаруженных в полости рта, потенциально могут передаваться в кишечник, что позволяет предположить, что полость рта является резервуаром для штаммов кишечных микроорганизмов, формирующих микробиом кишечника в условиях здоровья и болезни.     Дисрегуляция уникальных взаимодействий микробов и хозяев в экосистеме полости рта была связана с системными воспалительными заболеваниями, такими как воспалительный синдром кишечника, а также с целым рядом заболеваний полости рта. Кроме того, микробиота полости рта также была связана с некоторыми неврологическими заболеваниями, такими как болезнь Альцгеймера (БА), рассеянный склероз и болезнь Паркинсона. Ранее наша группа обнаружила, что микробное разнообразие слюны и суточная изменчивость были связаны как с уровнем периферических провоспалительных цитокинов, так и с психологическим дистрессом в когорте, на которой основано данное исследование. Тесная связь между микробиотой полости рта и системными заболеваниями человека, подтвержденная вышеупомянутыми исследованиями, позволяет предположить, что полость рта, вероятно, является перспективным местом для получения информации о патофизиологии коморбидности депрессии и ожирения. Более того, ротовая полость легко доступна для неинвазивного сбора образцов слюны по требованию для мультиомических исследований.    Хотя механизмы, связывающие микробиоту полости рта с мозгом (т.е. "орально-мозговая ось"), остаются в основном неизвестными, недавние исследования позволили предположить несколько путей передачи бактерий полости рта в мозг и влияния на нейроиммунную активность и воспаление. Например, обычные стоматологические процедуры, такие как чистка зубов, чистка зубной нитью и щеткой, могут привести к попаданию бактерий из полости рта в кровь и вызвать бактериемию, и некоторые из этих микроорганизмов могут преодолевать ГЭБ. Изменение проницаемости ГЭБ может также подвергать мозг воздействию бактериальных метаболитов, вызывая воспалительную реакцию, которая, в свою очередь, изменяет функционирование ЦНС. Например, Porphyromonas gingivalis, бактерия, обитающая в полости рта и являющаяся основным возбудителем пародонтита, была обнаружена в мозге пациентов с БА, как и нейротоксичные протеазы, т.е. гингипаины, производимые P. gingivalis.    Недавнее исследование показало, что бактерии кишечника человека кодируют по меньшей мере 56 метаболических путей кишечник-мозг, которые включают как известные, так и новые микробные пути синтеза и деградации ряда нейротрансмиттеров, способных преодолевать кишечный барьер и ГЭБ. Некоторые из этих эффекторов кишечно-мозгового пути, например, дофамин, глутамат, триптофан и гамма-аминомасляная кислота (ГАМК), были либо обогащены, либо обеднены у пациентов с большой депрессией. В частности, было показано, что пути метаболизма триптофана широко распространены среди видов бактерий кишечника человека.     Интересно, что большинство видов бактерий кишечника с нейроактивным потенциалом также являются обитателями ротовой полости. Однако в какой степени эти виды бактерий могут действительно биосинтезировать нейротрансмиттеры в организме хозяина, будь то в кишечнике или в ротовой полости, остается неизвестным. Таким образом, использование метаболомики позволяет получить функциональные данные о фенотипах хозяина и микроорганизмов, закодированных в геноме, и в сочетании с анализом микробиома может дать представление о механизмах, однако современные знания весьма ограничены. В частности, было показано, что микробные специализированные метаболиты являются каноническими медиаторами взаимодействия микроб-микроб и микроб-хозяин, и наиболее распространенные специализированные метаболиты представляют большой интерес для понимания механизмов этих взаимодействий на молекулярном уровне. В этом отношении обширный и весьма разнообразный набор коротких пептидов, играющих ключевую роль в сигнализации бактериальных клеток, иммунной модуляции и нейроактивном метаболизме, остается практически неизученным. Недавнее исследование показало, что истощение целого ряда структурно нехарактеризованных дипептидов связано с воспалительными заболеваниями кишечника, хроническим воспалением желудочно-кишечного тракта. Эти наблюдения побудили нас предположить, что нейротрансмиттеры и дипептиды, вероятно, играют ключевую роль во взаимосвязи ожирения, воспаления и депрессии.    В данном исследовании мы стремились выяснить, различаются ли микробиота полости рта и низкомолекулярные медиаторы ключевых взаимодействий микроб - микроб и микроб - хозяин в зависимости от депрессивной симптоматики и ожирения, а также их совместного присутствия, и влияют ли на них воспалительные процессы. Мы провели секвенирование микробиома полости рта на основе гена 16S рРНК и нецелевую масс-спектрометрию малых молекул из слюны, а также профили регуляции воспаления в крови 60 участников. Результаты   Грамотрицательные бактерии с потенциалом воспаления были обогащены по сравнению с грамположительными бактериями при коморбидном ожирении и депрессии, что подтверждает связь воспаления и орального микробиома во взаимосвязи ожирения и депрессии. Микробиом полости рта в большей степени предсказывал совместное возникновение депрессивной симптоматики и ожирения, чем ожирение или депрессивная симптоматика по отдельности, что позволяет предположить наличие специфических микробных сигнатур, связанных с совместным возникновением ожирения и депрессии.    Масс-спектрометрический анализ выявил значительные изменения в уровнях сигнальных молекул микробиоты, микробных или пищевых сигнальных пептидов и ароматических аминокислот при депрессивной симптоматике, ожирении и коморбидной ожирению депрессии. Кроме того, интеграция данных микробиома и метаболомики показала, что ключевые микроорганизмы полости рта, многие из которых, как было показано ранее, обладают нейроактивным потенциалом, сочетаются с потенциальными нейропептидами и биосинтетическими предшественниками нейротрансмиттеров допамина, эпинефрина и серотонина. Выводы   Несмотря на ограничения, наше исследование значительно расширяет доказательства наличия специализированных микробных метаболитов и пептидов с нейроактивным потенциалом, открывая дальнейшие пути для исследований в области взаимодействия микробиома и физиологии хозяина, и существует большой клинический потенциал в понимании и изменении этих взаимодействий. Более того, это дает первые доказательства того, что микробная ось "ротовая полость-мозг" является дополнением оси "кишечник-мозг" в контексте взаимосвязи ожирения-депрессии-воспаления.
Бактериальные виды в эпоху секвенирования следующего поколения
#идентификация бактерий #таксономия #секвенирование нового поколения
Быстрое получение геномной информации с помощью секвенирования следующего поколения (NGS) ставит под сомнение то, как проводятся границы между видами бактерий.     В отличие от эукариот, бактерии часто не вписываются в универсальное понятие вида. Методологические и связанные с культивированием барьеры ограничивают возможность измерения разнообразия внутри бактериальных видов и между ними. Развитие технологий и доступность методов секвенирования позволили преодолеть многие из этих проблем и экспоненциально увеличить количество секвенированных бактериальных геномов. Теперь исследователи могут наблюдать генетическое разнообразие бактерий с большим разрешением. Новые инструменты для переопределения видов    Начиная с конца 19 века, ученые различали бактерии на основе морфологии, требований к росту и патогенного потенциала. Морфология все еще широко использовалась до середины 20-го века, когда методы развивались и стали включать такие методы, как ДНК-ДНК гибридизация, биохимия и хемотаксономия. Исследователи предложили критерии для разграничения видов с помощью этих методов, но в значительной степени полагались на ранее описанные группы видов для определения этих пороговых значений. Например, исследователи определили порог в 70% ДНК-ДНК гибридизации после того, как Джонсон измерил гибридизацию между видами и внутри видов и описал "отчетливый разрыв" при 70% гомологии в 1970-х годах. Цифровая ДНК-ДНК гибридизация - метод in silico, представленный в 2010 году для оценки ДНК-ДНК гибридизации при сравнении геномов, также использует этот 70% порог.    Недавно сочетание NGS и биоинформационных инструментов для сравнения полных геномов позволило исследователям сравнивать и различать изоляты с большим разрешением. Методы NGS позволяют проводить секвенирование с высокой пропускной способностью, обеспечивая более быстрое секвенирование большего количества организмов за более короткий промежуток времени, чем традиционные методы секвенирования.     Приток геномных данных привел к реструктуризации определенных таксономических отношений, включая идею выделения трех доменов - Archaea, Bacteria и Eukarya. Со снижением стоимости секвенирования полных геномов и увеличением числа общедоступных геномов исследователи используют среднюю нуклеотидную идентичность всего генома для разграничения видов. Биоинформатики могут сравнивать геномы для определения филогенетических связей и используют эти методы в области системной биологии, целью которой является определение и описание организмов и их эволюционных связей. Несмотря на увеличение количества данных и методов измерения разнообразия и эволюционных отношений, ученые все еще спорят о том, как и где разделять бактерии на виды. Некоторые предложили универсальную границу геномного разнообразия. Например, Кьюфо и коллеги предложили порог в 96% средней нуклеотидной идентичности (ANI) двух выровненных последовательностей целых геномов в качестве оперативного определения вида. Другие исследователи пересмотрели отдельные виды и предложили разделить данные организмы на несколько видов.    Эти методы помогли пересмотреть таксономию некоторых патогенов. За последние несколько десятилетий методы молекулярной биологии привели к реклассификации клинически значимых видов, таких как Borrelia burgdorferi. Бургдорфер и др. обнаружили этиологический агент болезни Лайма в 1982 году, когда сыворотки пациентов Лайма были признаны содержащими антитела к спирохете, найденной в клещах. Подобные спирохеты были обнаружены у пациентов с острой болезнью Лайма. Джонсон и др. классифицировали этот организм как B. burgdorferi в 1984 году, после сравнения родства между этими спирохетами и другими спирохетами Borrelia, используя ДНК-ДНК гибридизацию, и обнаружив, что Лайм-ассоциированные штаммы более похожи друг на друга, чем на другие виды Borrelia.     В 1992 году Брантон с коллегами сравнили 48 изолятов, описанных как B. burgdorferi, используя ДНК-ДНК гибридизацию и другие молекулярные методы, и предположили, что среди этих штаммов было достаточно разнообразия, чтобы классифицировать их как 3 "геновида", предполагаемых таксономических групп, основанных на родстве ДНК. Они назвали геновиды, которые наиболее близко напоминали эталонные штаммы B. burgdorferi sensu stricto, и описали 3 геновида, ранее известные как B. burgdorferi, B. burgdorferi sensu lato. Термины "sensu stricto" и "sensu lato" на латыни означают "в узком смысле" и "в широком смысле", соответственно, и используются для разграничения новых и унаследованных определений названий видов. Сохранение аспекта прежней классификации поддерживает интерпретируемость, особенно в клинических условиях, где может быть трудно изменить устоявшиеся названия. Однако различия в клинических проявлениях болезни Лайма, связанных с этими 3 геновидами, демонстрируют важность точного определения патогенных бактерий. Сейчас NGS выявляет дополнительные новые виды B. burgdorferi sensu lato.    Патогенная бактерия Bacillus cereus также была переклассифицирована в несколько видов. Примерами этих видов являются патоген B. cereus sensu stricto, передающийся через пищевые продукты, и агент биотерроризма B. anthracis. NGS позволила с помощью методов полногеномного ANI выделить новые виды B. cereus sensu lato и быстро увеличить число предложенных видов B. cereus sensu lato: в период с 2013 по 2017 год было предложено 12 новых видов. В исследованиях, предложивших эти новые виды, использовались разные пороговые значения ANI, что привело к неоднозначности и возможности принадлежности изолятов к нескольким видам. Кэрролл и коллеги наблюдали за распределением ANI по всему геному и описали "естественные пробелы", где геномы кластеризовались в пределах 92,5% ANI и давали виды, в которых не было штаммов, пересекающихся в нескольких группах. Поэтому они предложили порог 92,5% ANI для видов внутри B. cereus sensu lato. Поскольку эти виды встречаются в различных средах и по-разному проявляются у пациентов, правильное разграничение и идентификация важны для правильной диагностики и лечения. Клиническая важность точного определения видов: случай Gardnerella vaginalis    Еще один вид, имеющий клиническое значение, который ученые переоценивают, - это Gardnerella vaginalis. До недавнего времени все бактерии рода Gardnerella считались G. vaginalis, но последние исследования генетического разнообразия заставили ученых разделить G. vaginalis на несколько видов. Gardnerella spp. ассоциируются с неблагоприятными явлениями для здоровья, такими как бактериальный вагиноз и преждевременные роды, но также встречаются и в здоровых микробиомах влагалища. Леопольд, и отдельно Гарднер и Дьюкс, впервые описали G. vaginalis в 1950-х годах, используя традиционные методы, такие как микроскопия и окрашивание по Граму. Леопольд описал простатит и цервицит у пациентов, от которых она была выделена, а Гарднер и Дьюкс с помощью микроскопии выявили "клетки-подсказки" из мелких бактерий на эпителиальных клетках влагалища, что указывало на случаи вагинита.    Исследователи Gardnerella предложили несколько методов для разделения G. vaginalis на несколько групп, включая варианты последовательности конкретных генов, таких как cpn60 или ген 16S рРНК, и филогенетические клады. Ванехоутт и коллеги использовали 96% порог ANI, рекомендованный Кьюфо и коллегами, для разделения геномов G. vaginalis на 13 видов. Другая группа исследователей сравнила различные биоинформационные методы, включая аминокислотное сходство, и обнаружила, что геномы Gardnerella, которые они оценивали, можно разделить на 8-14 видов, причем 14-й вид - это дополнительный геном, не оцененный Ванехоуттом и коллегами. Этот дополнительный вид подчеркивает важность адекватной выборки для полного определения широты разнообразия таксона.    Недавние исследования показывают, что варианты Gardnerella, включая эти недавно определенные виды и варианты ампликонной последовательности гена 16S рРНК, могут способствовать несоответствиям в ассоциации Gardnerella с показателями здоровья. Если некоторые виды Gardnerella являются безобидными обитателями микробиома влагалища, в то время как другие являются факторами риска бактериального вагиноза и преждевременных родов, прежняя классификация всех Gardnerella как G. vaginalis ограничивает возможности клиницистов различать, когда присутствие Gardnerella указывает на риск для здоровья, и определять, когда необходимо вмешательство. Кроме того, если некоторые виды устойчивы к определенным методам лечения, важно, чтобы врачи могли правильно проводить скрининг и идентифицировать различные виды, чтобы назначить эффективное лечение.  Поэтому правильное разграничение и идентификация патогенных видов важны для правильной диагностики и лечения. Остающиеся трудности в определении видов бактерий    Многие вопросы могут препятствовать поиску наиболее точных характеристик бактериальных видов и не позволяют прийти к консенсусу по универсальному определению вида. Поскольку все чаще используется полногеномный ANI, может оказаться невозможным определить единый порог ANI для всех филогенетических групп. Как отмечалось выше, порог в 92,5% превосходил общий порог в 96% для B. cereus sensu lato. Горизонтальный перенос генов еще больше усложняет возможность определения видов бактерий. В клинических условиях гены, придающие патогенные фенотипы, могут передаваться на плазмидах или другими способами горизонтального переноса генов, поэтому таксономическая принадлежность и вертикальная эволюционная история могут не указывать на наличие патогенности. Поэтому могут существовать различия в идеальных схемах наименования для клиницистов и систематиков.     Хотя правильная таксономическая классификация патогенных видов имеет клинические последствия, изменение исторической номенклатуры, используемой в медицине, может быть сложным и привести к путанице. Как отмечалось выше, определение термина для исходной группы, например Borrelia burgdorferi sensu lato или Bacillus cereus sensu lato, может прояснить, имеет ли кто-то в виду предыдущее или новое определение вида.     В конечном итоге, по мере секвенирования новых бактериальных изолятов и разработки новых методов их определения и сравнения, ученым, возможно, придется столкнуться с дополнительной реструктуризацией вновь названных видов.
Узнайте о новостях и событиях микробиологии
Первыми получайте новости и информацию о событиях
up