Новости

Точность идентификации видов имеет решающее значение для успешной таксономии бактерий, обнаружения патогенов и отслеживания источников, а также важна для пищевой промышленности, фармацевтической промышленности, клинической диагностики и формирования микробных ресурсов.     Традиционно идентификация бактерий основывается на фенотипической идентификации, которая страдает от невозможности воспроизведения, трудоемкости и длительного времени. Молекулярные методы устраняют эти недостатки, и ген 16S рРНК стал популярным молекулярным инструментом в таксономии прокариот благодаря его универсальному распространению в геномах бактерий и архей и филогенетическим последствиям.     Несмотря на большое количество данных, ген 16S рРНК не всегда обладает достаточным разрешением для разграничения видов, особенно для близкородственных видов. Кроме того, гетерогенная мультикопия гена 16S рРНК в геноме затрудняет его применение. Ожидается, что чем больше информации о геноме будет использовано, тем точнее будет таксономия и идентификация. Когда полногеномная последовательность содержит полную генетическую информацию данного таксона, она может эффективно иллюстрировать границы видов. Благодаря преимуществам секвенирования следующего поколения, все больше бактериальных геномов становятся доступными в публичных базах данных, что недавно привело к эре геномов в идентификации бактерий. Однако инструменты идентификации, такие как SpeciesFinder, Reads2Type, TaxonomyFinder и rMLST, могут использовать для идентификации только те чтения или сиквенсы, которые соответствуют 16S сиквенсам или маркерным генам из данных секвенирования генома.    Средняя нуклеотидная идентичность (ANI), рассчитанная между двумя полными бактериальными геномами, была доказана с помощью ДНК-ДНК гибридизации и принята в качестве золотого стандарта разграничения видов бактерий.Тем не менее, расчет ANI страдает от вычислительных ресурсов и низкой скорости из-за большого объема выравнивания последовательностей, а парные сравнения не учитываются при тысячах геномов.     Еще одной проблемой для идентификации бактерий является качество геномной базы данных. Во-первых, геномные последовательности типового штамма должны быть включены в базу данных для классификации и идентификации. Тип таксона, особенно типовой штамм вида, который иллюстрирует полные фенотипические и генотипические характеристики оригинального описания вида, играет важную роль в филогенетическом анализе. Во-вторых, неправильно обозначенные геномные последовательности в базе данных представляют значительную угрозу для идентификации.    Ошибки могут возникать, когда пользователь представляет последовательность из изолята, идентифицированного традиционной процедурой; кроме того, существует возможность контаминации в субкультуре или в результате ошибки при передаче материала между различными коллекциями культур. В-третьих, комплектность и контаминация геномов привлекают большое внимание, поскольку они сильно искажают результаты идентификации. Например, контаминация геномных последовательностей может привести к необъективным результатам с высокими значениями ANI между двумя различными видами. Однако комплектность и контаминация чернового генома могут быть нелегко различимы из-за высокой вариабельности размеров генома и содержания генов у разных видов. Наконец, названия могут не соответствовать обновленной номенклатуре Международного кодекса номенклатуры прокариот (ICNP) (Parker et al., 2019).    В данном исследовании мы использовали многоступенчатую стратегию создания базы данных геномов типовых штаммов, удаляя ошибочно помеченные и некачественные сборки геномов и разработали комбинированную стратегию для точной и быстрой идентификации бактерий. На основе этого мы разработали платформу быстрой идентификации бактериальных геномов (fIDBAC), которая объединяет идентификацию видов, автоматическое типирование штаммов и последующий анализ последовательностей бактериальных геномов в единый рабочий процесс. fIDBAC находится в свободном доступе на сайте http://fbac.dmicrobe.cn/.    Цель fIDBAC - обеспечить единый, последовательный и автоматизированный рабочий процесс для идентификации видов, типирования штаммов и последующего анализа, такого как предсказание генов лекарственной резистентности, аннотации генов вирулентности и филогенетического анализа.

Из-за резкого роста цен на строительные материалы Минстрой Коми обратился к Минстрою РФ с просьбой пересчитать стоимость возведения республиканской инфекционной больницы.     Вследствие дефицита средств строительство объекта стоимостью 1,5 млрд рублей приостановлено. По словам председателя Контрольно-счетной палаты Республики Коми Игоря Гурьева, запланированная на март 2022 года сдача объекта находится под угрозой срыва, поскольку готовность объекта составляет только 9%. Торги по клинике прошли по постановлению Правительства РФ №563, в соответствии с которым исходная цена контракта рассчитывалась до проектирования, а корректировки цены по таким объектам пока не предусмотрено. Регион может расторгнуть контракт с подрядчиком, однако в этом случае Республика Коми потеряет федеральное софинансирование в размере 1,3 млрд рублей. Минстрой Коми совместно с компанией-подрядчиком обратился в Минстрой России с просьбой распространить практику корректировки цены на инфекционную больницу в Сыктывкаре.    Основной корпус инфекционной больницы в Сыктывкаре был построен в 1958 году. В декабре 1999 года его признали аварийным и демонтировали, процент изношенности оставшихся корпусов составляет 20%. Первоначально реконструкция была запланирована в 2015–2017 годах, однако в конце 2015 года этот проект был исключен из программы развития здравоохранения Коми до 2017 года. В феврале 2018 года Республика Коми получила субсидию в размере 200 млн рублей из федерального бюджета на строительство инфекционной больницы по госпрограмме «Развитие здравоохранения», а летом 2019 года региональные власти разыграли тендер на проектирование и строительство клиники. Контракт ценой 1,534 млрд рублей получила компания «Техгазмонтаж».    В августе 2021 года Правительство РФ своим постановлением №1315 разрешило увеличивать стоимость госконтрактов на строительство, реконструкцию и капремонт до 30% из-за значительного роста цен на стройматериалы. Удорожание контракта возможно по согласованию сторон на основе доп.соглашения, для изменения цены контрактов в 100 млн рублей и более потребуется повторная государственная экспертиза проектной документации.