Новости

Многочисленные исследования показали высокую эффективность фекальной микробной трансплантации (ФМТ) для лечения пациентов с рецидивирующей инфекцией Clostridium difficile.    Для этих пациентов ФМТ использовалась в качестве последнего средства после неудачи стандартной терапии, которая состояла из нескольких раундов супрессивных антибиотиков, эффективно устраняющих микробное сообщество реципиента. Чтобы лучше охарактеризовать микробное взаимодействие донора и реципиента после ФМТ, в нескольких исследованиях использовалось метагеномное секвенирование в сочетании с новыми информационными подходами, которые позволили определить микробное сообщество на уровне штаммов. Мы и другие исследователи показали, что у пациентов с C. difficile, получавших супрессивные антибиотики, ФМТ может привести к стабильной длительной колонизации штаммами донорских микроорганизмов в течение двух лет после ФМТ, что является самым длительным сроком исследования.    ФМТ также использовалась с терапевтической целью для изменения биологических функций микробного сообщества кишечника при хронических заболеваниях, которые влияют на метаболизм и иммунитет хозяина. Анализ штаммов донора и реципиента после ФМТ без антибиотиков представляет собой уникальную систему для изучения нарушения экологии микробного сообщества желудочно-кишечного тракта человека после введения новых штаммов.     В исследовании Li et al. описана ФМТ, при которой образцы фекалий худых пациентов использовались для пересадки тучным реципиентам с целью улучшения метаболической функции. В этих экспериментах перед трансплантацией не проводилось предварительное кондиционирование антибиотиками, чтобы уменьшить количество микробов реципиента. Li et al. обнаружили присутствие штаммов донорских микроорганизмов в организме реципиента в некоторых случаях до 84 дней после ФМТ. Кроме того, наблюдалась значительная вариабельность между отдельными пациентами: во многих случаях микробы донора и реципиента обнаруживались у одного и того же пациента после ФМТ.    В настоящем исследовании мы дополнительно изучили закономерности изменения разнообразия штаммов микроорганизмов донора и реципиента у реципиентов после ФМТ без предварительного курса антибиотиков, используя данные из недавнего исследования, в котором ФМТ применялась для усиления иммунотерапии с использованием анти-PD-1. В отличие от исследования Li et al, уникальные особенности данного исследования включали многократный лонгитюдный отбор образцов в течение периода времени до 535 дней после ФМТ. Пары донор-реципиент после ФМТ из исследования Davar et al. были проанализированы на наличие штаммов донора и реципиента у реципиентов после ФМТ с помощью двух методов отслеживания штаммов. Наш анализ демонстрирует индивидуальные особенности фекальных доминантных штаммов донора или реципиента после ФМТ. В некоторых случаях ФМТ мы также обнаружили, что отслеживание штаммов указывает на присутствие штаммов микроорганизмов, не относящихся к донору или реципиенту, а также свидетельство, по крайней мере, одного случая возможной рекомбинации между донором и реципиентом. Наличие таких гетерогенных микробных сообществ донора и реципиента после ФМТ может оказывать влияние на функцию трансплантированного микробного сообщества в метаболизме и иммунной системе хозяина. Методы   В этом исследовании мы получили набор метагеномных данных, состоящий из 5 ФМТ, содержащих данные о доноре, реципиенте и реципиенте после ФМТ, взятые несколько раз в течение периода до 535 дней после ФМТ. Для определения наличия штаммов микроорганизмов донора и реципиента после ФМТ мы использовали два известных метода отслеживания штаммов - Window-based Single Nucleotide Variant (SNV) Similarity (WSS) и StrainPhlAn. Для оценки рекомбинации между донорскими и реципиентными штаммами Bacteroides vulgatus после ФМТ мы использовали BLAST+ для анализа данных на наличие специфических антимикробных белков Bacteroidales (BSAP-3), которые имеют известные функции по ограничению видоспецифической репликации. Результаты   Мы обнаружили, что штаммы Alistipes onderdonkii, Alistipes shahii, Alistipes putredinis и Parabacteroides merdae после ФМТ характеризовались доминированием в фекалиях либо доноров, либо реципиентов. Напротив, анализ Bacteroides spp. в пяти парах ФМТ выявил межиндивидуальные колебания во времени с появлением доминирования штаммов донора или реципиента в фекалиях. В некоторых случаях после ФМТ были также выявлены B. vulgatus и B. uniformis, которые не были ассоциированы ни с донором, ни с реципиентом. Наконец, в одном из случаев ФМТ мы выявили отдельный штамм B. vulgatus после ФМТ, который соответствовал штамму до ФМТ, но был BSAP-3 положительным, что говорит о возможной рекомбинации между штаммами донора и реципиента. Заключение   Сложные колебания в появлении фекальных доминантных штаммов донора, реципиента или неродственных штаммов через длительное время после ФМТ дают новое представление о динамике взаимодействия микробного сообщества с реципиентами после ФМТ. Результат нашего анализа имеет значение для использования ФМТ для предсказуемого изменения биологических функций кишечного сообщества в метаболизме и иммунитете хозяина.

Широкомасштабные вспышки холеры заставили органы здравоохранения ограничить поставки вакцин, поднимая вопросы об инфраструктуре здравоохранения в пострадавших странах.     В этом году от этого заболевания уже заразились сотни тысяч людей, сообщает The New York Times. В результате Международная координационная группа (МКГ), которая управляет распределением вакцин для экстренных случаев и состоит из членов ВОЗ и гуманитарных групп, таких как "Врачи без границ" и ЮНИСЕФ, рекомендовала выдавать только одну дозу вакцины на человека вместо полной схемы из двух доз, объявила ВОЗ в пресс-релизе. Согласно пресс-релизу ВОЗ, в этом году случаи холеры были зарегистрированы в 29 странах, особенно крупные вспышки произошли на Гаити, в Малави и Сирии. Это резкое отклонение от среднего показателя в менее чем 20 пострадавших стран в год за последние пять лет, говорится в пресс-релизе, и отмечается, что наводнения, засуха, конфликты и перемещение людей привели к росту заболеваемости.    Увеличение числа случаев усугубило нагрузку на инфраструктуру общественного здравоохранения в пострадавших районах, и чиновники сейчас решают, как распределить ограниченный запас вакцин. Из 36 миллионов доз вакцины против холеры, запланированных к производству в этом году, 24 миллиона уже распределены. Еще восемь миллионов утверждены для экстренной вакцинации в четырех пострадавших странах, говорится в пресс-релизе. Это оставляет мало места для экстренной вакцинации в других пострадавших странах и еще меньше для профилактической вакцинации в уязвимых соседних странах. Растущее число случаев заболевания и "острая нехватка" вакцин послужили причиной рекомендации МКГ о нормировании, говорится в релизе ВОЗ. Хотя защитные возможности вакцины и продолжительность действия вакцины снижаются без второй прививки, в релизе утверждается, что "преимущество предоставления одной дозы все еще перевешивает отсутствие доз".    Вакцин просто не хватает", - говорит Даниэла Гароне, международный медицинский координатор гуманитарной организации "Врачи без границ". "И это курица или яйцо: Вы предотвращаете или реагируете? На данный момент мы только реагируем, пытаясь предотвратить смертность, а предотвратить мы не можем". По состоянию на 31 октября Франция начала распространять вакцины против холеры в Ливане, который был свободен от холеры с 1993 года до нынешней вспышки, которая, вероятно, попала в страну из соседней Сирии и была усугублена продолжающимся экономическим кризисом.    "Сейчас мы выделили 70% наших коек для больных холерой", - сообщил Мохамад Ходрин, директор государственной больницы Абдаллаха Эльрасси в Аккаре, Ливан. Посол Франции в Ливане Анн Грилло заявила журналистам, что вспышка заболевания стала "новой и тревожной иллюстрацией критического снижения уровня государственного обеспечения доступа к водоснабжению и санитарным условиям в Ливане". Сет Беркли, главный исполнительный директор GAVI, организации, которая управляет вакцинами против холеры в глобальном масштабе, сообщил что, по его мнению, к концу этого года может быть произведено до 5 миллионов доз, и еще 7 миллионов могут быть предоставлены по отмененным запросам. Несмотря на рост числа случаев заболевания, лечение холеры может быть простым и недорогим, часто требующим только регидратационных солей и антибиотиков. "Даже те страны, которые раньше не сталкивались с холерой, могут быстро научиться этому", - утверждает Гароне.