microbius
РОССИЙСКИЙ МИКРОБИОЛОГИЧЕСКИЙ ПОРТАЛ
Поиск
rss

ООО "АЛИФАКС"

ИНН 7718314415

ID 2Vtzqx7tLnC

Реклама

ООО "АЛИФАКС"

ИНН 7718314415

ID 2VtzqwzYS9e

Реклама

ООО "АЛИФАКС"

ИНН 7718314415

ID 2VtzqvtsLHv

Реклама

Новости

Новости
Недорогой световой микроскоп позволяет получать изображения со сверхразрешением
#микроскопия #новые технологии #микроскопические исследования
Новая технология позволяет обычным микроскопам превзойти разрешающую способность оборудования стоимостью в несколько миллионов долларов.    Когда Али Шаиб получал степень магистра в Ливанском университете в Бейруте, он ждал своей очереди несколько недель, чтобы съездить в другой университетский городок и сделать несколько снимков на дорогостоящем микроскопе, что ученые в более богатых странах считают само собой разумеющимся. Теперь Шаиб, специалист по наноразмерам в Медицинском центре Геттингенского университета в Германии, и его коллеги разработали метод для обычных световых микроскопов, который, как они надеются, разрушит подобные барьеры.    Это изобретение, которое позволило получить потрясающие изображения отдельных белков и невиданных ранее структур в клетках, обеспечивает уровень детализации, превосходящий даже многомиллионные микроскопы со "сверхразрешением". "В микроскопии должна быть хоть какая-то демократия" (в оригинале игра слов: democracy in microscopy - прим.пер.), - говорит Сильвио Риццоли, специалист по наноразмерам из Медицинского центра Геттингенского университета, который вместе с Шаибом стал первопроходцем в этой технике, получившей название ONE-микроскопия. "Высокое разрешение нужно многим, а не нескольким богатым лабораториям".    Возможности обычных световых микроскопов ограничены законами оптики, которые означают, что объекты размером менее 200 нанометров становятся размытыми. Исследователи разработали методы сверхразрешения, которые, по словам Риццоли, могут снизить этот предел примерно до 10 нм. Этот подход, за который в 2014 году была присуждена Нобелевская премия по химии, использует оптические ухищрения для точного определения флуоресцентных молекул, прикрепленных к белкам.    В 2015 году исследователи придумали еще один способ обойти оптические ограничения. Группа под руководством Эдварда Бойдена, нейроинженера из Массачусетского технологического института в Кембридже, показала, что при раздувании ткани - с помощью абсорбирующего состава, который можно найти в подгузниках, - клеточные объекты удаляются друг от друга. Эта техника, называемая микроскопией расширения, привела к скачку в разрешении микроскопа и может позволить разглядеть структуры размером около 20 нм.    Техника Шаиба и Риццоли, описанная в исследовании, опубликованном в прошлом месяце на сервере препринтов bioRxiv, объединяет эти два подхода для достижения разрешения менее 1 нм. Это достаточно, чтобы выявить форму отдельных белков, которые обычно изображаются более детально с помощью гораздо более дорогих методов структурной биологии, таких как криоэлектронная микроскопия (крио-ЭМ) или рентгеновская кристаллография.    Простота расширительной микроскопии является частью ее привлекательности, утверждает Бойден, который подсчитал, что более 1 000 лабораторий уже используют эту методику. Образцы обрабатываются химическими веществами, которые прикрепляют белки к полимеру, который при добавлении воды разбухает до 1000-кратного размера, раздвигая молекулы. Микроскопия ONE (сокращение от one-step nanoscale-expansion) использует тепло или ферменты, чтобы также разъединить белки, поэтому отдельные фрагменты растягиваются в разных направлениях во время расширения.    Исследователи использовали свой подход для получения изображений нейронной молекулы, рецептора ГАМК, которые очень похожи на изображения белка, полученные с помощью крио-ЭМ и рентгеновской кристаллографии с гораздо более высоким разрешением. Они также зафиксировали очертания громоздкого белка под названием отоферлин, структура которого еще не определена и который помогает передавать звуковые сигналы в мозге. Форма напоминает структурное предсказание, сделанное сетью глубинного обучения AlphaFold.    Этот метод не может сравниться с разрешением крио-ЭМ, которая в некоторых случаях позволяет выявить детали почти атомного уровня размером менее 0,2 нм. Но крио-ЭМ - это сложный и дорогой метод. В отличие от этого, ONE-микроскопия может предложить быстрый и простой способ получения структурных данных практически о любой молекуле, говорит Риццоли. "Вы можете посмотреть на любой белок и получить разрешение, о котором вы и мечтать не могли".    Риццоли рассказывает, что разработка метода была отчасти продиктована необходимостью расширить доступ к передовой световой микроскопии. Метод ONE-микроскопии прост в применении и работает с устаревшими флуоресцентными микроскопами 1990-х годов.    Сальма Таммам, фармацевтический технолог из Немецкого университета в Каире, планирует этим летом отправить в Геттинген аспиранта для изучения этого метода. Ее лаборатория исследует, как наночастицы перемещаются в клетках. Они хотели бы увидеть мельчайшие детали перемещения частиц и их содержимого. Но, как и многие исследователи в странах с низким и средним уровнем дохода, они не имеют доступа к дорогим микроскопам сверхвысокого разрешения. "Это даст нам разрешающую способность по доступной цене", - считает она.    Расширение возможностей микроскопии сверхразрешения важно и для ученых из хорошо финансируемых учреждений, утверждает Ноа Липштейн, биолог, изучающий синапсы в Центре молекулярной фармакологии Лейбница в Берлине. У нее есть доступ к хорошо зарекомендовавшей себя технике сверхразрешения, называемой микроскопией со стимулированным истощением эмиссии. Но недавно она основала независимую группу и решила применить ONE-микроскопию в своих исследованиях тонких деталей нейронных синапсов.    "Это дало мне независимость, потому что мне не нужно полагаться на связи с большими шишками с тяжелыми машинами", - делится Липштейн. "Это я могу делать в своей собственной лаборатории и на своем собственном столе". Липштейн еще не довела технику до совершенства, но она уже видит отблески новой биологии. "То, что мы увидим новые вещи, - это почти само собой разумеющееся. Мы уже видим их, но пока не знаем, что это такое", - добавляет она.
Ученые разработали первые дрожжи, работающие на световой энергии
#родопсин #фотосинтез #новые технологии #микробиотехнологии
Эксперименты показывают как легко организмы могут развить способность использовать солнечный свет для получения энергии.    Дрожжи - любители углеводов, они живут за счет ферментации сахаров и крахмала из таких источников, как тесто, виноград и зерно, а в качестве побочных продуктов производят хлеб, вино и пиво. И вот недавно исследователи сделали один из видов дрожжей менее зависимым от углеводов, позволив ему использовать свет в качестве энергии.    По словам Магдалены Роуз Осберн, геобиолога из Северо-Западного университета США, не принимавшей участия в исследовании, которое было опубликовано на прошлой неделе на сервере препринтов bioRxiv,  оно является "первым шагом к более сложным способам создания искусственного фотосинтеза". Кроме того, этот метод повторяет ключевой эволюционный процесс - освоение энергии света. "Это необычно", - считает Фелипе Сантьяго-Тирадо, биолог из Университета Нотр-Дам. "В какой-то степени это похоже на превращение животного в растение".    Ну, не совсем. Для преобразования углекислого газа в сахара, которые служат топливом для жизни на Земле, растения используют белковый комплекс, включающий хлорофилл, для переноса электронов и протонов, которые осуществляют химические реакции и передают энергию. Исследователи уже много лет работают над воссозданием фотосинтеза, чтобы изучить возможности более эффективного использования света в качестве источника энергии для солнечных батарей и других применений, а также для селекции растений и других организмов с целью повышения их продуктивности.    Но для того, чтобы хлорофилл выполнял свою работу, необходимо множество других молекул. Поэтому Энтони Бурнетти, генетик из Технологического института Джорджии, и биолог-эволюционист Уильям Рэтклифф из Georgia Tech искали более простое решение. Они остановились на белке родопсине, который не требует большого молекулярного окружения. К такому же решению пришла и природа: бактерии, некоторые протисты, морские водоросли и даже вирусы водорослей используют родопсин для преобразования света в полезную энергию, зачастую для перекачки протонов для клеточных функций.    Исследователи начали с введения гена родопсина, принадлежащего морской бактерии, в пивные дрожжи (Saccharomyces cerevisiae). Бурнетти надеялся, что родопсин попадет в вакуоль дрожжей - наполненный ферментами мешочек, в котором происходит деградация ненужных белков. Молекулы АТФ подпитывают этот процесс, нагнетая протоны в вакуоль, чтобы сделать ее внутреннюю среду кислой - оптимальной для распада.    Бурнетти задался вопросом, может ли световая энергия выполнять эту работу. Но первая попытка исследователей дала осечку, когда родопсин, созданный геном, попал в другой отсек, предназначенный не для деградации, а для синтеза белка. Поэтому Бурнетти стал искать родопсин, о существовании которого в вакуолях уже было известно. Он остановился на одном из них - родопсине из кукурузной парши, грибкового патогена. Прикрепив к белку зеленую флуоресцентную метку, он и его коллеги убедились, что он локализовался в вакуолях дрожжей, как они и надеялись.    Ученые пошли дальше, чтобы доказать, что эти модифицированные дрожжи действительно используют свет. Они вырастили новый штамм в тех же условиях, что и оригинальные, неизмененные дрожжи, и облучили его зеленым светом, к которому родопсин наиболее чувствителен. Клетки светочувствительного штамма жили недолго, но размножались достаточно быстро, чтобы превзойти нечувствительные к свету дрожжи на 0,8%, обнаружили авторы исследования. Это "огромное преимущество", - говорит Сантьяго-Тирадо. Ожидается, что с течением времени клетки, использующие свет, в конечном итоге заменят неизмененные клетки так же, как ранние пользователи света могли заменить своих конкурентов в природе много веков назад.    Бурнетти и его коллеги считают, что свет побуждает родопсин перекачивать больше протонов в вакуоль, освобождая клетки от необходимости тратить АТФ на эту задачу и высвобождая эту энергию для роста клетки другими способами. Повышение кислотности внутри вакуоли может привести к тому, что ферменты за пределами вакуоли начнут работать быстрее и быстрее изнашиваться, что также может объяснить более высокий уровень гибели этих измененных клеток. Каким бы образом это ни происходило, "это явно идет на пользу дрожжевым клеткам", - говорит Майкл МакМюррей, молекулярный биолог из Университета Колорадо.    Но эксперимент может не раскрыть ничего нового о том, как использование родопсина развивалось в природе. "Я думаю, что авторы преувеличивают эволюционное значение своей работы", - считает Роберт Бланкеншип, биохимик из Вашингтонского университета. "Это искусственная конструкция и не является продуктом естественной эволюции".    Тем не менее, другие специалисты  считают, что эта работа может найти применение в промышленности, медицине и фундаментальных исследованиях. Алааттин Кайя, биолог, изучающий старение в Университете Вирджинии, говорит, что эти дрожжевые клетки могут помочь прояснить, почему закисление вакуолей в течение жизни клетки иногда приводит к нарушению работы митохондрий и, в свою очередь, ускоряет старение. Он бы хотел добавить родопсин в сами митохондрии, чтобы проследить его воздействие.    Бурнетти тоже желает нацелиться на митохондрии, но по другой причине. "Несмотря на то, что в природе этого, кажется, никогда не было, мы планируем в конечном итоге ввести родопсин в митохондрии". Поскольку митохондрии могут эффективно производить АТФ, добавление родопсина могло бы обеспечить большое количество энергии непосредственно от Солнца, подобно тому, как это делает фотосинтез. В этом отношении дрожжи станут немного больше похожи на растения.
Узнайте о новостях и событиях микробиологии
Первыми получайте новости и информацию о событиях
up